第三条理由是“我朝以孝治天下，而遗命在所尤重”。曾国藩举出两个显见的例证，一是孝庄文皇后病逝时留下遗嘱：她谆谆嘱咐康熙皇帝：“我身后之事特嘱你：太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时不便合葬。若别起茔域，未免劳民动众，究非合葬之义。我心恋你们父子，不忍远去，务必于遵化安厝，我心无憾矣。”康熙皇帝一向孝顺祖母，孝庄皇后死后，康熙帝遵照遗嘱，将祖母安葬在了遵化的东陵附近。第二个例子是乾隆皇帝。乾隆帝把大清朝推向全盛，他的功绩大业死后是完全可以称“祖”的。但乾隆帝临终前也留下遗命：“庙号毋庸称祖”。嘉庆帝只好遵从，故庙号高宗。并将此载入《会典》，“先后同揆矣”。在举出以上两个例证后，曾国藩说：此次大行皇帝遗命，唯第一条森严可畏，若不遵行，则与我朝家法不符，且朱谕反复申明，无非自处于卑屈，而处列祖予崇高，此乃大孝大让，亘古未有之盛德。“与其以尊崇之微忱属之臣子，孰若以奠大之盛德归之君父，此其不敢违者三也。”
曾国藩的奏疏非常有力量，他最后说：今皇上（指咸丰帝）如果不按大行皇帝之遗命去做，就有“违命之歉”。此时，咸丰皇帝颇感为难：如果按照遗命去做，大行皇帝未能郊配，自己的孝心也“有歉”，考虑到将来又“多一歉”，与其他日成礼时“上顾成命，下顾万世”，左右为难，不如现在慎重考虑，再做决断。曾国藩的奏疏尽管理由是儒家的仪礼，但这是需要万分勇气的。道光皇帝已经死了，他是不是真是那么想的，谁也不敢肯定。也许道光皇帝本人只是做做样子，并不是真心要如此，更何况他的继承人也不会听任自己的父亲自贬自损，想抬高还来不及呢！再者，大臣们已有明确的“公议”，曾国藩如此“不识时务”，是要冒很大风险的。因此上疏的末尾用“不胜惶悚战栗之至”这样的话，也是袒露心情的真话。当时，咸丰皇帝虽然在御批奏折上写的是肯定的词语，但是心里并不痛快，对曾国藩平添了几分厌恶之情。但曾国藩认定的是天下之理，所以奏疏一个接一个地上，批评也逐渐升级，最后连刚继位的皇帝也有“三大缺失了”。
咸丰帝即位之初，颇有一番“振作”。道光三十年二月初八，他发布上谕，令九卿科道凡有言事之责者，就国家用人、行政一切事宜，“皆得据实直陈，封章密奏”。曾国藩时为一品侍郎，立即将久蓄心中的治国大计倾吐出来。乃于三月初二上《应诏陈言疏》。
曾国藩对于清朝开国至咸丰之初的人才问题，提出了中肯的批评。他认为人才“有转移之道，有培养之方，有考察之法，三者不可废一。”
不求有功，但求无过，使清代出现了许多“泥塑木雕”式的官员。康熙末年，顺天府尹余正健不能办事，致使各项事务废弛，康熙帝说他是“木雕草束之人”。有人说，余正健虽然不能办事，但人有正气，康熙帝不以为然，说：那样的话，不如立一个泥塑木雕之人，不吃不喝，岂不更好！
曾国藩主张踏实的学风。他认为，如果要让天下的英才辈出，又要他们不做出格的事情，就必须倡导踏实的学风。如果能这样坚持下去，十年之后，朝廷必然会人才济济。
曾国藩上这份奏疏时，他已在京师为官十年之久，此间他从七品小官晋升二品大臣，对于官场风习可以说是每日触及，因此他才能够提出发人深思的问题来。他后来多次说，三四十年来不黑不白的官场，已让英豪短气，让豺狼不敢为非。这确实是个悲哀的时代。
清朝的政治风气，在嘉庆道光以后日见泄沓萎靡，人才亦见寥落。这与皇帝的好尚及执政者之逢迎谄谀，都有密切的关系。《瞑庵杂识》中曾有一条说：
曹振镛晚年恩遇益隆，声名俱泰。做了很长时间的大学士却平安如初。他的一个门生请教做官诀窍，曹答曰：“无他，但多磕头，少说话耳。”当时流传颇广的《一翦梅》四则形容官场积习十分形象：
