但是，江青、陈伯达等没有放过胡乔木。从1967年12月6日起，胡乔木即被正式列入“中专一办周扬专案组”，从此被长期审查。江青等控制的专案组甚至无中生有地诬称胡乔木历史上“很可能被突击当了特务”，还给他加上在1959年庐山会议上“大肆攻击三面红旗”的罪名。
所幸毛泽东没有忘记胡乔木。1971年夏，毛泽东到南方视察，在一次谈话时，称赞胡乔木“这个人有点知识”。此后，毛泽东又过问胡乔木的事，但江青等人以问题还没有搞清楚来搪塞。直到1974年秋，在落实政策、大批解放干部的时候，胡乔木才得以出席国庆招待会。当年京剧样板戏风靡全国，此举借用京剧行话，称为“亮相”：昭示世人，此人已经获得“解放”。
邓小平1975年初主持国务院工作，胡乔木担任邓小平组建的国务院政治研究室主要负责人，一方面编辑《毛泽东选集》，一方面协助邓小平进行各方面的整顿。
胡乔木动手，很快就把毛泽东指导中国社会主义建设的重要著作《论十大关系》和进一步贯彻“古为今用、洋为中用”，“百花齐放、百家争鸣”方针的指导性文件《同音乐工作者的谈话》整理了出来。毛泽东对胡乔木的工作是满意的。同时，胡乔木带领政治研究室，一方面支持与推动了整顿的展开和深入，一方面揭露和打击了“四人帮”的反革命阴谋和极左理论。在此期间，不少得到毛泽东直接干预而产生了巨大影响的事，如电影《创业》公开放映，举行纪念聂耳、冼星海音乐会，支持姚雪垠《李自成》小说的写作和出版，批示编辑出版《鲁迅全集》《鲁迅书信集》，写出“打破‘金要足赤，人要完人’的形而上学错误思想，可惜未请周扬、梁漱溟”的著名批语，等等，都是由胡乔木将有关书信、材料，或直送毛泽东，或经邓小平转呈毛泽东，而促成的。
江青一伙因此对胡乔木深恶痛绝。在后来的所谓“批邓、反击右倾翻案风”中，国务院政研室被诬蔑为“谣言公司”、“黑风口”、“继旧中宣部后又一个阎王殿”。胡乔木参与或指导起草的《工业二十条》《科学院汇报提纲》《论全党全国各项工作的总纲》，被当作“三株大毒草”进行批判。于是，胡乔木再一次“靠边”。
历史转折时期：青史判爱憎
以中共十一届三中全会（1978年冬）为标志的这一伟大历史转折，以邓小平领导1975年整顿为前奏，从1977年批评“两个凡是”开始，到1981年夏中共十一届六中全会通过《关于建国以来党的若干历史问题的决议》完成。对毛泽东和毛泽东思想作出正确的历史评价，是中国解放思想、拨乱反正，实现历史转折的一个重要关键。无论是冲破“两个凡是”的“左”的思潮的束缚，还是遏制全盘否定的右的思潮的泛滥，胡乔木对正确评价毛泽东和毛泽东思想，肯定毛泽东的历史地位和毛泽东思想的指导地位，都作出了应有的贡献。在这三年多时间里，胡乔木做了许多工作。详情这里不可能多说。只说一说在解决正确评价毛泽东和毛泽东思想这个写好《历史决议》的核心问题的过程中，胡乔木发挥的重要作用。最主要的有三点：
一、提出把毛主席晚年的错误同毛泽东思想加以区别。他说：“我们现在要把毛主席晚年这些思想上行动上的错误同毛泽东思想加以区别，加以对照。对毛泽东思想加以肯定，对毛主席晚年的错误的理论和实践加以批判。”并指出：“毛泽东同志晚年自己违反了毛泽东思想的科学体系。我们决不能把他的错误列入毛泽东思想。”胡乔木这一“区别”，为解决邓小平提出的决议的核心问题找到了一把钥匙。据他的秘书回忆，胡乔木想出这个解决问题的办法以后非常兴奋，要秘书立即把这些话记录下来，打电话告诉组织《历史决议》起草工作的另一位负责人邓力群。
