普里斯特利也希望，“政治不会让你忘记什么对于科学才是真正合宜的”。杰斐逊实际上把二者看作相互关联的。政治意义上的个人自由才会产生调查自由的感觉。从君主制或者世袭制度的局限性中解放出来的人，生活在公民之间和睦友爱的环境中，他的思想才更有可能无拘无束地发展、成长、创造、革新。这是杰斐逊理想的共和国，他将矢志不移地让它实现。
关于如何按照参众两院狭隘的决议管理政府，杰斐逊收到了不少忠告。“许多朋友会因为失望而渐渐疏远，”詹姆斯·门罗写信说，“那些迫不及待的暴力狂热分子会因为没有如愿以偿而觉得遭到羞辱；另外，……还有那些失意的亲英殖民者，过去主要由于分裂和种种愚行而狼狈落败，也会把分散的力量联合起来对抗我们……他们会与国外势力勾结，因此我们必须加以关注。”坦奇·考克斯发出了警告，他在给杰斐逊的信中写道：“我们的政体所面临的危险，无论国内外，仍然存在。”
在弗吉尼亚州的威廉·布兰奇·贾尔斯看来，“失势的一党被普遍认为由英国操控，旨在破坏全体人民手中的自由。”
每天，杰斐逊在总统官邸一楼他的办公室里处理着各种事件和问题。官员的任命、新英格兰的政治、巴巴里海岸、农业政策、西印度群岛、法国和英国的外交政策，文件如潮水般在杰斐逊面前来去。
帕茜和波莉都没有来华盛顿和他一起生活，也没有任何记录表明萨莉·赫明斯曾经离开阿尔伯马尔县来总统官邸拜访。尽管杰斐逊喜欢社交，他在华盛顿却过着相对与世隔绝的生活。只有梅里韦瑟·刘易斯和他同住在尚未竣工的宅邸里。杰斐逊说，他们生活得就像“教堂里的两只老鼠”。
他任职初期备感孤独。他的同伴迟迟未能聚集到他身边。在总统府安顿下来时，他说：“我还感觉不知所措。”詹姆斯·麦迪逊和艾伯特·加勒廷尚未定居首都。加勒廷一家抵达时，他们收到了一份杰斐逊发来的全员邀请函，他请他们每天在一起用餐。他说，那将是“真正的承情”。不过，杰斐逊失望了，因为加勒廷夫妇决定搬到离总统府更远的地方。月，加勒廷写信告诉杰斐逊，“这座城市有碍健康，我的家人也有同感，因此他们十分急切地想搬到国会山居住。”不过财政部部长很快让杰斐逊宽了心，因为他会住在附近，“以前骑马20分钟的距离要被10分钟的替代了”。
与他许多官员和议员们不同，杰斐逊喜欢这座首都新城。“我们觉得这里是一处宜人的乡间居所，”他写道，“上流社会，且交往适度，没有噪声、暑热、恶臭的困扰，也不受附近新建镇子忙乱熙攘生活的影响。”
创建美国崭新的未来必须纠正过去联邦党执政时期的过激行动。杰斐逊签署赦免令，释放了一些因《惩治叛乱法》而获罪的出版商人。其中，他的老盟友詹姆斯·汤姆森·卡伦德被定罪、罚款并入狱，他的案子是杰斐逊本人最关切的。卡伦德的赦免令签署于1801年3月16日星期一。
卡伦德有三个孩子要抚养，想让政府归还当初200美元的罚款。但罚款迟迟未还，1801年4月12日星期日，卡伦德因仍不见动静的罚款问题“大失所望”，感情“受到伤害”。他说：“我现在开始明白什么是忘恩负义了。”
斐逊希望他的人民时刻意识到如今是共和党当政时期。101年3月20日星期五，他让艾伯特·加勒廷对联邦党人罗伯特·古德洛·哈珀写的一封对华盛顿—亚当斯当政时期歌功颂德的通函予以回应。杰斐逊说，通函中描述“虚假浮夸”，因此“有必要展示一下奖章的另一面”。出于极度谨慎，杰斐逊没有在附函上署名。
居于幕后指挥共和党发表文章对于杰斐逊来说已不是什么新鲜事了。这件事同时也暴露出，从执政开始，他转而向加勒廷寻求协助。自1800年起，杰斐逊过去几年一直器重倚赖的卡伦德已经不再受青睐了。
