在莫斯科的日子里，陈伯达与毛泽东之间曾几度发生龃龉，受到了毛泽东的批评。
最初的不快，是在一次与斯大林的会谈时发生的。
那一次，毛泽东谈起了蒋介石。斯大林忽然朝陈伯达说话了：“哦，我读过陈伯达同志的《人民公敌蒋介石》。”
陈伯达本来一直坐在一旁静听，一听到斯大林提及他的著作，非常高兴，情绪马上活跃起来，未等翻译把话译成汉语，懂俄语的陈伯达已在笑了。
斯大林把注意力从毛泽东转向陈伯达，说了起来：“你的书里头所讲的宋美龄和小罗斯福的故事，很有趣，很有趣！”
其实，那是陈伯达在《人民公敌蒋介石》一书中，引述了美国总统罗斯福之子小罗斯福的一段回忆：
我……代我父亲出席蒋氏夫妇的鸡尾酒会。他们的别墅离我们的住所约一二英里远。当走进门的时候，我发现丘吉尔的女儿撒拉正和我扮演着同样的角色。可是我没有机会和她谈话；蒋夫人走到我的身旁，毫不停留地把我带到两张并排放着的椅子上坐下。我觉得她像一位颇为老练的演员。差不多有半小时之久，她生动地，有风趣地，热心地谈着……她把身子靠向前来，闪耀着光彩的眼睛凝视着我，同意我所说的每一句话，她的手轻轻地放在我的膝盖上……我相信蒋夫人多少年来始终是以一种征服人的魅惑与假装认为对方对她的谈话发生兴趣的方式来应付人们——尤其是男人。
斯大林对小罗斯福的这段故事感兴趣，居然对大家重述了一遍。
这么一来，作为政治秘书的陈伯达，一时成了谈论的中心，却把毛泽东撂在了一边，形成喧宾夺主的局面。
斯大林谈兴正浓，居然拿起了酒杯，走到陈伯达面前：“为中国的历史学家、哲学家陈伯达同志干杯！”
陈伯达也举起酒杯，回答道：“为全世界最杰出的历史学家、哲学家斯大林同志干杯！”
陈伯达忘乎所以，似乎他的身边没有坐着毛泽东一般。陈伯达深为自己在最高级会谈中大出风头而兴高采烈。
这次会谈中的反常现象，理所当然地激怒了毛泽东。
深夜，结束会谈送走斯大林之后，陈伯达仍处于兴奋之中，却接到毛泽东的通知：“下一次会谈，你不要参加了！”
果然，下几轮中苏两党最高级会谈的长方桌旁，不见了陈伯达。
毛泽东不让陈伯达参加中苏两党最高级会谈，意在表明：就中方而言，陈伯达无足轻重——他可以参加会谈，也可以不参加会谈。
几天之后，毛泽东要起草文件，却找不到陈伯达。
“陈伯达哪里去了？”毛泽东问机要秘书叶子龙。
“他搬走了！”叶子龙答道。
“他搬到哪里去了？”毛泽东又问。
“搬到大使馆去了。”叶子龙答。
“他为什么搬走？他到大使馆去干什么？他是我的秘书，他的工作在这边！他搬走，为什么不跟我说一声？”毛泽东显得非常不高兴。他要叶子龙通知大使馆，陈伯达必须立即搬回来！
陈伯达只得灰溜溜地搬回来。陈伯达向毛泽东解释说，他的儿子陈小达在苏联学习，16岁了，多年不见，想在大使馆跟儿子一起住几天……
“你为什么不得到我的同意就搬走？你的工作岗位究竟在哪里？”毛泽东严厉地批评了陈伯达。
望着毛泽东愠怒的脸，陈伯达知道事态已相当严重，赶紧向毛泽东赔不是，作了检查。
毛泽东在陈伯达作了检查之后，仍把他留在身边工作。不过，这件事在毛泽东心中，留下了不愉快的阴影。
后来，在陈伯达倒台后，对陈伯达进行批判时，曾经算老账，说陈伯达在陪同毛泽东前往苏联时，“竟然采取‘老鼠搬家’的罪恶行动……竟然不同毛主席住在一起，而搬到驻苏使馆去住。他在莫斯科会谈期间，行踪诡秘，同苏方搞了一些不可告人的勾当”。
