虽然多年后钱家兄弟在回忆父亲的文章中说“他和我们的母亲虽是旧式婚姻，但家庭生活一直很和谐”，但据当时人的记述，钱玄同和妻子之间似乎并无太深的感情，不过妻子生病，钱玄同却尽心照顾，对于朋友因其妻体弱，劝其纳妾的建议更是坚不采纳，黎锦熙说：“他的太太于民十三就大病，经过几次危险，直至现在尚未复元。钱先生尽力医药，‘大世兄’亲自服侍，十年如一日……有些朋友劝他纳妾，因为那时候法律上并无明文禁止，在他家庭环境之下又是能许可的，但他拒绝说：‘《新青年》主张一夫一妻，岂有自己打自己嘴巴之理？’他向不作狎邪游，说如此便对学生不起。他一辈子没有交过女朋友，说他自己最不喜看电影，难于奉陪，又不惯替人家拿外套……有时报告我：‘今天我又掉了车轮子’（“脱辐”二字之白话翻译也，因为他有时回家和太太言语别扭）。”
赵元任夫人杨步伟在《杂忆赵家》中则记述自己一日在诊所内休息，“钱玄同来了，看样子很急，可是结结巴巴地说不出所以然来，在房内走来走去的半天，才对我们说他的太太要死了。我问是什么病？请医生看了没有？他说妇人病不肯看，我笑了说休息休息也许会好，钱一定说不会好的，他又说和他太太很早结婚虽无感情，可是多年在一道的伴侣了，大家都笑他，黎锦熙说你就殉葬好了”。
钱玄同曾说：“三纲像三条麻绳，缠在我们的头上，祖缠父，父缠子，子缠孙，一代代缠下去，缠了两千年。新文化运动起，大呼解放，解放这头上缠的三条麻绳。我们以后绝对不许再把这三条麻绳缠在孩子们头上！可是我们自己头上的麻绳不要解下来，至少新文化运动者不要解下来，再至少我自己就永远不会解下来。为什么呢？我若解了下来，反对新文化维持旧礼教的人，就要说我们之所以大呼解放，为的是自私自利，如果借着提倡新文化来自私自利，新文化还有什么信用？还有什么效力？还有什么价值？所以我自己拼着牺牲，只救青年，只救孩子！”这和鲁迅所说的“以肩扛住黑暗的闸门，放孩子们到光明的天地里”可谓心有戚戚焉。
也许是因为对包办婚姻的苦处深有体会，钱玄同大力支持长子钱秉雄自由恋爱，多次表示做父母的绝对不干涉。1937年7月15日，他亲自发请柬邀请亲朋好友百余人到中山公园来今雨轩，为钱秉雄举行订婚仪式。钱玄同即兴发表讲话，称赞自由恋爱是进步，并再次大声呼吁：“反对包办式的婚姻!”对子对己，两种不同的态度和选择，看似矛盾，但反映出的是钱玄同和那一时代与他同命运人的甘于牺牲和严于律己。黎锦熙就曾说：“他（钱玄同）一生安身立命之处，还是‘最大多数的最大幸福’之‘功利主义’，墨家的人生观。”
对于二儿子钱三强，钱玄同也同样表现得非常开通。钱三强中学快毕业时，有人对钱玄同说；“你是搞语言文字的专家，名气又大，应当叫三强接你的班。”钱玄同笑笑说：“那要看孩子的态度和兴趣哩！”钱玄同对钱三强说：“你将来学什么，我不包办代替你的主意，由你自己去选择。但是一个人应当有科学的头脑，对于一切事物，应当用自己的理智去分析，研求其真相，判定其是非，然后定改革的措施。”父亲的一席话让儿子开始思索。不久，三强开门见山地对父亲说：“爸爸，我要学工！”钱玄同欣然同意。
钱三强先进入北大预科班，后又如愿以偿地考取了清华大学，攻读物理，考取公费留学，在巴黎大学镭学研究所居里实验室从事原子核物理的研究工作，指导老师是获得1935年诺贝尔化学奖的居里夫人的女儿和女婿。钱三强学成归国后，成为一位著名的原子能专家。
