还有一件事。大约在钱玄同6岁时，他从塾师读经。有一天，钱玄同偷看《桃花扇》传奇，被塾师发现，劈头打下一戒尺，正打在钱玄同眉心，留下了一个永远的疤痕。塾师为什么对钱玄同这么严厉呢？很大程度上是因为钱振常督责之严。钱玄同的哥哥钱恂比钱玄同大34岁，十多岁就考中秀才，此后考了好多场也没考上举人，所以钱振常把儿子中举的希望全部寄托在钱玄同身上，决不允许他看与科考无关的闲书。
钱玄同在其父亲的严格管教下，十多岁时已经遍读儒家经典。1898年，74岁的钱振常病故，长兄为父，钱恂承担起了对钱玄同的教育之责，钱恂赴日做中国湖北省留学生监督之前，给钱玄同聘请了老师，钱玄同得以继续在家塾念书。钱玄同16岁时，他的母亲周氏也病逝了。在中国传统社会里，“守制”的人是不许参加科举考试的。钱玄同原来准备去应举，因为“丁忧”，而不得不放弃“童子试”，但这也因此使钱玄同的人生和思想出现了一个转机：他从书房里走出来，偏离了原定的读经书考秀才的轨道，进入了“新学”的广阔天地。1905年，19岁的钱玄同到上海，进入新式学校南洋中学堂读书。在这里，他读到了刘师培等人的著作，刘师培在当时是虎虎有生气的革命党人，有“东亚一卢骚”的声誉，他与章太炎是其时鼓吹排满革命思潮最激烈的两位代表人物，也是与章太炎齐名的年轻的国学大师，对于推动中国传统学术的近代化，建树良多。
同年12月，钱玄同到日本东京看望兄长钱恂，这是钱玄同第一次出国到日本。钱玄同在东京住了几个月，还学习了外语。1906年秋天，钱玄同第二次到日本，这一次他是作为留学生进入早稻田大学“清国留学生师范部”，研读日语和教育学。
1906年，因发表《驳康有为论革命书》并为邹容《革命军》作序，触怒清廷，被捕入狱的章太炎出狱后，被孙中山迎至日本，并参加了同盟会，主编同盟会机关报《民报》。1908年夏，章太炎在东京小川町《民报》社聚徒讲学，钱玄同拜在其门下，这时期章门弟子还有黄侃、朱希祖、周树人、周作人、许寿裳、沈兼士、马裕藻等人，后来大多成就卓然。但这时期的钱玄同与周氏兄弟交往并不是太多。
1910年，钱玄同归国，任浙江嘉兴中等学校国文教员。辛亥革命后，钱玄同先在杭州教育专署任科员、视学；1913年到北京，连续在北京师范大学任专任教授二十余年。他讲授的课程，以音韵学为主，还有“说文研究”、“经学史略”、“周至唐及清代思想概要”、“先秦古书真伪略说”等，并任国文系主任，后又长期在北京大学兼课。
1917年，钱玄同向陈独秀主办的《新青年》杂志投稿，倡导文学革命，次年《新青年》杂志编辑部由上海迁移到北京，钱玄同开始参与《新青年》的编辑工作，当时的其他五个编辑是：陈独秀、胡适、刘半农、沈尹默、李大钊。钱玄同在《我对于周豫才君之追忆与略评》中回忆说：“（民国）六年，蔡孑民（元培）先生任北京大学校长，大事革新，聘陈仲甫（独秀）君为文科学长，胡适之（适）君及刘半农（复）君为教授。陈胡刘诸君正努力于新文化运动，主张文学革命；启明（周作人）亦同时被聘为北大教授。我因为我的理智告诉我，‘旧文化之不合理者应该被打倒’，‘文章应该用白话做’，所以我是十分赞同仲甫所办的《新青年》杂志，愿意给它当一名摇旗呐喊的小卒。我认为周氏兄弟的思想，在国内是数一数二的，所以竭力怂恿他们给《新青年》写文章。七年一月起，就有启明的文章，那是《新青年》第四卷第一号，接着第二三四诸号都有启明的文章。但豫才则尚无文章送来，我常常到绍兴会馆去催促，于是他的《狂人日记》小说居然做成而登在四卷第五号里了。”
