就在陈独秀在秘书长职位上如鱼得水的时候，陈家却遭遇了塌天大祸。一天，14岁的长子陈延年跑进都督府，找到陈独秀，气喘吁吁地告诉他说：
“家里出事了，爷爷病了”
陈独秀愣了一下。
自从第一次离家东渡日本，陈独秀对家中事便很少过问。但以前经常返家，即使远在日本也是如此。自从与高君曼离家出走，便再也没有回过家，直到返回安庆，才回家看望了一下嗣父、嗣母。家中五个子女，除次女夭折外，其他三子一女一直由嗣父、嗣母和发妻高晓岚照顾。但如今嗣父在病中，家里能主事的男人只剩了他一个，嗣母只好请他回家商量。
原来，陈衍庶两年前做的那笔大豆生意，原以为案情早已了结，不料突然接到英商诉讼状，要求陈衍庶交还收购大豆的订金，可订金早已在合同撤销之时清还，陈衍庶又气又急，病情骤然加重。
陈独秀回到家中，听完嗣母讲述的这些情况，望着病榻上的嗣父，一时无语。
对于嗣父做着清廷的官，陈独秀一直耿耿于怀，但嗣父毕竟养活了一大家子人。嗣父在东北任上发财、置办产业、建造“陈家大洋房”，让全家人生活无忧，陈独秀无话可说。而对嗣父吃官司一事，陈独秀也并不是很关心，尤其对做生意打官司这些事他根本一窍不通，面对嗣父、嗣母殷切的目光，他只好无能为力地表示：
“还是父亲亲自去一趟上
陈衍庶满指望陈独秀能够代劳，没想到陈独秀说出这样一番话，想想也不无道理，失望之余，只好表示：
“好吧，看来也只有我自己去了。”
陈衍庶拖着病体去上海交涉，查阅当年合同后才知道，姚通事欺负他不懂英文，与英商串通一气，在退款文件上做了手脚。事已至此，陈衍庶百口莫辩，只好挥泪交出财产契约，一生积蓄毁于一旦，回到安庆，便一头栽倒在床上，从此大病不起。
为了避免全部家当赔光，嗣母谢氏先后几次赴京，找曾子固求情，后经曾子固交涉，总算保下了南水关两栋房子和贵池县卖不掉的300亩薄地。陈家未交够的部分，由曾子固代缴补齐结案。好在当初陈衍庶未将北京、奉天两处古玩店做抵押，总算留下一点家产维持生计。
受此打击，陈衍庶病情迅速恶化，于1913年5月18日病逝。
陈独秀回家料理嗣父后事，也算尽了孝道。但为了避免别人说他与旧官僚有牵连，影响革命，料理完嗣父后事，他去宗祠办理了“退继”手续。
他以为嗣父不在了，没有人会在意这个手续，反正也不会影响他与嗣母的关系。不料嗣母谢氏很快得知这一消息，立刻将陈独秀叫回家中，一见面便大哭不止，嘶哑着嗓子喊道：
“你不认爹娘了吗？皇帝也要认爹娘的”
陈独秀只好耐心解释，可谢氏就是无法理解，她瞪大眼睛，不敢相信站在面前的陈独秀是她养大、宠大的儿子。
事实上，陈独秀并没有受到家庭的“牵连”，反倒是他给这个家带来一场灾难。
1913年8月末，孙中山为反袁发动的“二次革命”失败，袁世凯令心腹倪嗣冲出任安徽督军，倪嗣冲一上任，便于10月21日通告缉拿陈独秀。当时高君曼刚生下他们的第二个孩子儿子——陈鹤年不久，陈独秀便携高君曼及一儿一女逃往上海。不料，走了和尚走不了庙，倪嗣冲抓不到陈独秀，便派人查抄陈独秀的家，并抓捕陈独秀的儿子。
这一天是10月27日，谢氏在前一晚得到消息，立刻吩咐陈独秀的长子、次子陈延年与陈乔年乘夜色逃走，两个孩子连夜跑到渌水乡堂亲陈遐文家，这才躲过一劫。第二天搜查的人来到陈家后，抢走陈家几件值钱古玩。由于陈庆元的儿子陈永年与陈乔年同龄，搜查的人认定陈永年就是陈独秀的儿子，无论谢氏怎样解释，还是将陈永年带走了。后来证实陈永年不是陈独秀的儿子，才同意由保人出面将他保释回家。
