此时姚文甫早已吓得瘫软如泥，以为几人深夜闯进寓所是要他的脑袋，吓得连连求饶。当三人离去后，他才从惊吓中缓过神来，摸摸脑袋还在，总算松了一口气，但是辫子没了，又惊出一身冷汗。清政府官员没了辫子，如何出门见人？而此次反清留学生“以发代首”，下次无以替代，说不定脑袋真的就没了！
天一亮，姚文甫便立即报警，吁请日本警察抓人。
陈独秀等人离开姚文甫的寓所后，当夜将其辫子挂到留学生会馆，总算出了一口恶气。不料，日本警方很快查出“剪辫事件”为陈独秀三人所为，4月底，陈独秀三人被驱逐出境。
这次回国，正值拒俄运动在全国蓬勃兴起，陈独秀立刻返回安庆，于5月17日在藏书楼举办爱国演讲会，安徽大学堂、武备学堂以及桐城、安庆等校学生300多人，冒着滂沱大雨赶赴会常陈独秀在演讲中号召广大青年学生，“振尚武之精神，使人人能执干戈卫社稷，以为恢复国权之基幢。但安庆知府桂英很快查封了藏书楼，并勒令各学堂总办，开除进步学生。陈独秀闻讯，于6月27日星夜逃出安庆，避居上海，躲过一场牢狱之灾。
到上海后，由留日同学张继介绍，与张继等人协助章士钊创办《国民日日报》。7月中旬，《国民日日报》正式创刊，章士钊为主笔，陈独秀与张继协助，陈去并何梅士、林解等人撰述。9月，19岁的苏曼殊从日本归来，留在编辑部为《国民日日报》翻译雨果的《悲惨世界》。
当时苏曼殊每翻译完一部分，便交给陈独秀看，陈独秀会用毛笔做些圈点，或者加些文字。有天章士钊拿着一叠稿子来找苏曼殊，对苏曼殊的译文提出异议：
“子谷，这些译文是原文中的内容吗？”
“哦……是仲甫加上去的。”苏曼殊迟疑一下说。
“这样不行，翻译作品要尊重原著，讲求信达雅。”
“现在是特殊时期，没必要受此拘泥。”陈独秀说，“要紧的是把国人从梦中唤醒。至于信达雅，以后有时间可以重新翻译。”
见陈独秀如此说，章士钊没有再反对，并根据苏曼殊的提议，在每天连载的译文上，以“陈由己”的笔名将陈独秀的名字署在苏曼殊的名字后面。
当时报社设在新闸新马路梅初里一幢楼房里，楼房分上下两层，下层为印刷厂地，上层为编辑办公及住宿场所，陈独秀与章士钊、苏曼殊等人就住在楼上。时至深秋，有天已是日上三竿，陈独秀还睡在床上不醒。章士钊喊他起床，陈独秀才从床上爬起来，在穿衣时，站在床边的章士钊突然发现他的蓝色布衫领口有些灰白色的东西，仔细一看，吓了一跳，不由得惊叫一声：
“你领子上是什么东西在爬？”
“虱子罢了，无须大惊小怪。”陈独秀低头看一眼，毫不在意地说。
“不要弄到我身上，不要弄到我身上。”
章士钊惊讶地看着陈独秀，连忙退出好远。这时，苏曼殊来找陈独秀，章士钊指着陈独秀的领口对他说：
“我原以为仲甫是天生的领袖，想不到他还是天生的乞丐。”
话音一落，三个人哈哈大笑。
在共同办报的日子里，陈独秀与章士钊、苏曼殊等人结下了深厚友谊。由于《国民日日报》揭露了清政府的黑暗统治，该报在长江一带被禁发，造成经费短缺，于当年12月初被迫停刊。大家分手时，章士钊写诗云：
我与陈仲子，
日期大义倡。
国民既风偃，
字字挟严霜。
