为了防备沙俄火枪，林兴珠特意改良了传统的藤牌，垫厚了夹衬棉层，使之更加牢不可破。
眼看沙俄援军迫近，57岁的林兴珠大喝一声，赤裸上身，一手持片刀一手举藤牌，率先跳入江中迎敌。四百藤牌健卒齐声呐喊，紧随主将之后，头顶藤牌手拿片刀跳入水中，飞速向敌筏靠近。俄军开枪施射，藤牌军则躲在水中，用藤牌护住头面，故而“火器无所施、枪矢不能入”。
藤牌军利用水流和藤牌的掩护，对俄军展开了迅如风雷的反击：用片刀猛砍敌人脚胫。一时间江水之中，浮满了死伤的俄军士卒，而藤牌军一无所伤（小说中，藤牌军采用地趟刀战术，歼灭的是俄军的哥萨克骑兵）。
因为藤牌奇军歼灭了沙俄援军，断绝了托尔布津的念想，故而托尔布津在弹尽粮绝后，不得不向清军投降，并向清军统帅彭春立誓永不再犯。清军则按照康熙的“勿杀一人、俾还故土”指令，对俘虏实行了宽大政策，放其回国。
然而，背信弃义的托尔布津在逃到尼布楚后，贼心不死，在打听到清军并未驻防雅克萨后，于两个月后再次侵占雅克萨。对于沙俄的这番举动，康熙十分恼火，翌年（公元1686年）2月，康熙诏命将军萨布素、副都统郎坦等率所部2000人再攻雅克萨，老将军林兴珠也带上了他的藤牌军再次出征，二攻雅克萨，清军不再客气，斩杀俄兵七百多人，幸存者仅66人，托尔布津也在一次突围中被击毙。
至此，沙俄彻底断绝了与清廷开战的想法。
康熙二十八年（公元1689年）8月22日，中俄双方开始进行两国划界谈判，至9月7日，终于敲定了《中俄尼布楚条约》，条约共有6款，两国以额尔古纳河—格尔必齐河—外兴安岭为界，以南属于中国，以北属于沙俄，雅克萨城重归祖国怀抱。
由于此时准噶尔部的噶尔丹勾结沙俄，意图在新疆叛乱，所以康熙做出重大让步，将尼布楚城划归沙俄统辖。沙俄在得到重大收益后心满意足，与清廷签订了和平协定。
有人说，《中俄尼布楚条约》是中国历史上第一个与外国签订的“平等条约”。对此实在不敢苟同，清廷胜而割地，沙俄输而得城，何来“平等”可言？
但《中俄尼布楚条约》确保了清廷东北边疆170年的平安，直到1858年的《瑷珲条约》和1860年的《北京条约》，和平再次被打破，沙俄窃取了我国东北黑龙江以北、外兴安岭以南近60万平方千米土地，雅克萨城不幸再次为恶邻所盗。
