大会讨论《中国国民党总章》时，围绕着通过党内合作方式实现国共合作的关键问题展开了尖锐的斗争。右派分子把阻挠国共合作的破坏活动带到大会上，提出“本党章程应规定不许党内有党，党员不许跨党”。李大钊当即批驳右派分子的叫嚣，他在发言和散发的《意见书》中义正词严地宣称：“我们参加本党而兼跨固有的党籍，是光明正大的行为，不是阴谋鬼祟的举动。”因为“我等之加入本党，是为有所贡献于国民革命的事业而来的”。对于共产党员加入国民党的“猜疑防制，实为本党发展前途的障碍，断断乎不可不于本党改造之日明揭而扫除之”。国民党左派廖仲恺等赞同共产党人的意见，坚持了孙中山的联共方针，指出“想要打倒帝国主义，非与共产党亲善不可”。强调了共产党员加入国民党的重要意义——“此次彼等之加入是本党一个新生命……是与我们同作国民革命工夫的。”《北京代表李大钊意见书》。大会最后表决，同意共产党员和社会主义青年团员以个人资格加入国民党。共产党人同国民党左派并肩战斗，挫败了国民党右派分子的卑鄙伎俩。中国国民党由此获得新生，从一个“非民权的集中制”的、“党员不奋斗”的、“缺乏纪律，不能收一致行动之效”的松散组织，改造成为“实行民权的权力集中，以为团体奋斗”的、“党律既严”的革命政党《中国国民党第一次全国代表大会纪事录》。。中国国民党的面貌为之一新，成为工人、农民、小资产阶级和民族资产阶级的联盟形式。
大会选举了中央执行委员和中央监察委员，组成新的中央领导机构。国民党左派廖仲恺等和共产党人李大钊、毛泽东、谭平山、瞿秋白、林祖涵等被选为中央执委或候补执委。中央监委的不少名额则为右派分子占据。在中央执委、监委首次全体会议上，组建了中国国民党中央党部。谭平山、林祖涵分任组织部长、农民部长，毛泽东任代理宣传部长。会议还决定在上海、北京、汉口等特别区成立执行部，指导和监督当地党务。中央党部下设省、市、县、区和海外党部、特别党部，而以区分部为基层组织。由于中央领导机构注入了新血液，党的健全体制基本确立。因而使得中国国民党获得了前所未有的、健康的发展。
中国国民党第一次全国代表大会的胜利召开，是孙中山和他的战友们忠实于爱国主义、民主主义以及与时俱进的结果，也是中国共产党和国际无产阶级积极帮助、支持的结果，又是对国民党右派分子进行斗争的结果。大会取得了巨大成果，以至具有历史里程碑的意义——既是国共合作正式形成的标志，又是国民革命走向高潮的起点。
