北师大虽然在行政上建立了校长教务长的联席会，但只是拿一些琐碎具体事在会上谈论，而且会前大都没有准备，与会者在会上随便聊几句就走过场。学校的核心或中心工作一般不拿到联席会上讨论，而由党委会去决定。1953年3月联席会有一次开会讨论一般性的教学计划，预定下午两点开会，上午十一时半身为副校长的何锡麟才去找陈垣和副教务长林传鼎商量，下午两点前告知另外一位副教务长祁开智。由此也可见出，在这样天生隔阂、保密至上的组织体制下，党员校长对非党校长、教务长的漠视和应付是习惯使然的。
1953年4月上旬市高校党委统战部来人调查，记录这样几件小事。何锡麟有一次曾拿一个计划草案交给校办公室金永龄，金问：“陈校长看过没有，有什么意见？”何说：“他提不出什么意见来。”进步群众刘逎和反映，有时陈垣在办公室里转圈，说：“你说我应该干些什么呢？”“老了，做不了什么事。”有一次说：“年轻人（指何锡麟）那么能干，偏偏身体不好。我这老头子没有能力，身体反而那么好。”刘逎和还验证了校内传言甚久的“牌位说”，说陈校长“过去是傀儡，今天是牌位”。
有一次某系学生慕名来办公室请陈垣校长题字，陈高兴地答应了，亲自拟好题词的内容，多是鼓励性的简单言辞，思虑再三，最后还得请何锡麟看看题词妥当不妥当才提笔挥就。（见1953年4月20日高校党委统战部《各校上层统战工作情况》）
在北京高校中，非党校长不受重视而被忽略，是左倾政策推行后必然带来的一种工作常态。陈垣的境遇并不是偶然的个例，也不是北师大独有的现象。譬如在财经学院，所有需院长签字的材料如党委书记秦穆阳没看过，非党副院长陈岱孙就不肯签字，因为他知道签字大多是无效的。许多情况陈岱孙不了解，有些会议的内容到开会时才知晓，因此党员副院长罗青不到场就根本开不了会，如罗青中间因故退席陈岱孙就无法继续主持。
皮科教授胡传揆是公认的向党积极靠拢的著名非党派人物，他在市委里颇获好感，因此获任北京医学院院长一职。但高兴一段时日后，胡院长就频频感到难堪，卫生部的领导有事常常直接找北京医学院党员副院长马加，很少找他商量要事。有时马加同意了就直接做了，胡传揆还不知情。因此胡消沉地表态：“我这院长应当怎么当，不知道？还不如回皮科去。”更有甚者，有时马加有意把一些棘手的事如药学系要并入旁系，交给胡传揆去处理，结果让胡碰钉子，扫兴而归，威信大跌。
在校长位置上，享受无上的政治荣耀和光环，但实际上又长期处于权力的真空地带，为人摆设，看人眼色，陈垣的滋味一定是百感交集，难以名状的。在20世纪五六十年代起伏不断的思想运动之中，陈垣在大小会上说了不少拥护式配合式的即令话、应景话，已经难得听到他脱口而出的内心言语。1955年初，有一回听说李四光、华罗庚在中国科学院会上遭人批判而流泪，陈垣极为少见地大发脾气：“如果把我像他们那样在台上被斗，我可不干……”这种激烈的表态，对于陈垣来说，只能落在口上，只是一时苦闷的发泄，也是自卫性质的表露。
