1954年4月市委高校党委组织各校非党教授座谈“高饶问题”，对会议评价为“一般教授发言慎重，不敢暴露，有不少混乱思想”。北大哲学系主任郑昕说：“过去是战争环境，很多负责同志没学到多少马列主义。”北大教授周炳琳问：“既然早知道高、饶有错误，为什么还要重用他们？”马寅初没有这么大胆，他只是跟在金岳霖发言后面补充几句，金说：“高的问题很严重，饶的问题没听出什么事。”马寅初马上跟着说道：“饶的罪恶轻，能认识错误，所以还称他为‘同志’。”（见市高校党委《各校非党教授对高饶问题的反映》）他明白，在小枝节上绕着说，一般不会犯大错误。
马寅初所处的政治环境开始变得愈加恶劣，思想斗争火药味逐渐浓郁。1954年5月23日北大召开第一次党代会，与会者对上一届学校党委提出严肃的批评，措辞严厉，与会者集中谈到这几点：“资产阶级思想在党内外大量存在，未受到有力的批判”、“我们阶级觉悟不高，对阶级斗争的规律缺乏深刻的体会，因而对于在各样教学工作中和日常学习生活中所反映的许多资产阶级思想则缺乏分析，降低了应有的政治警惕性，也就很少提出对策。”党代会通过的总结报告中明确表示：“（北大）长期安于被资产阶级思想紧紧包围的环境中，敌情观念与政治嗅觉很不敏锐。”此后，马寅初所受的冷对待与此政治行情的看涨紧密相关。
1956年绷紧的斗争之弦稍有松懈，马寅初一有机会还会为北大利益呼吁、争取。市委召开高等学校院长座谈会，马寅初在会上言辞激烈，严厉批评中国科学院到高校挖人的举动，认为科学院“独善其身”，只让自己发展，不管高等学校的死活。他说：“过去吴有训为科学院拉人，就把浙江大学这所综合大学拆垮了。现在又不断到北大来拔尖，甚至一般教师也要拉。北大与科学院的关系不是双方批评一下就能解决的问题了，需要中央来处理，才能公平解决。”高等学校与中国科学院的关系向来很紧张，一直是困扰各高校的难题，只有马寅初独挑这个话题，全场也只有向达一人帮他说话：“这样下去高等学校只有关门，或者什么人都不让出来，或者歇业。”
马寅初还大胆地提出一个教学问题：“学生政治课用的是苏联的本子，讲的是苏联的事，不结合中国的实际，不能真正提高学生的思想觉悟。匈牙利事件反映出学生思想很多基本问题都不清楚。”（见1956年《市委召开的高等学校院长座谈会上提出的意见》）这是一个真实存在的教学问题，可以看出马寅初的敏锐和直率，但在场的中共领导人士碍于国际形势对此没有做出明确反应。相反，老资格的人民大学党委书记、副校长胡锡奎却接着马寅初的话题说：“今后可以考虑在政治理论教学计划中规定每年作一两次思想总结或鉴定，讲课中也要注重联系学生思想。”党员校长更看重的是给学生做思想鉴定，从这个细节也看出非党校长与党员校长的治校异同之处。
