北大副校长、哲学家汤用彤1954年11月13日晚中风病危，在11月16日市高校党委动态简报中，列举北大党政领导前往医院探视的名单，竟把马寅初归入“向达、郑昕等教授”之列。这可以视为工作人员的一点笔误、失误，但多少也从侧面反映了马寅初的校长位置多年被漠视、冷遇的状态。
1954年5月，北京市高校党委会也认为北大“党的领导核心不健全，党政关系不密切，党委也未主动了解行政意图，配合行政进行工作”。说及原因，是因为北大党委“片面地强调行政方面水平低，小资思想浓厚，对他们指责多，帮助少，缺乏支持”。（见1954年《关于北大召开党代会准备情况的报告》）
高校党委借此批评一些党员校长习惯于个人决定问题，觉得“自己决定出不了大错”、“集体领导麻烦”。结果就是出现这样一个景象：“党委忙得要死，有些负责同志忙得身体也垮了，而非党行政负责人却闲得难受”（市委大学部1961年回顾几年来教育工作总结报告语）。
市里对江隆基的工作方法也是存有一定看法的，但碍于江的老资格身份而有所容忍。在市高校党委工作报告中，对江的内部评论一直不高：“少数同志背着‘老资格’的包袱，自以为是。北大江隆基副校长自恃在掌握政策、思想意识、工作方法等方面的修养差不多了，不能虚心接受大家的意见，教学改革进展迟缓了，就产生了消极情绪。”市里领导由此形成对北大领导层现状的看法，这种评价持续相当长的时期：“北大集体领导不健全，党政关系不密切，干部及党员认识都不一致，行政、党委各部门间工作中配合不够，学校领导上的决定无法深入贯彻，致使教学工作稳步不前，相当一部分干部滋长了消极情绪。”（见1954年高校党委常委会议文件第7号《高等学校党员校院长学习四中全会决议检查思想情况的报告》）
江隆基时常抱怨高教部、市委对他支持不够，自嘲为“过渡时期的校长”，强调许多客观困难。这让市委颇有些恼火，双方矛盾持续甚久。江隆基又因高教部不调给得力干部，常对高教部干部发牢骚，说：“又要马儿好，又要马儿不吃草。”高教部也认为江隆基与上级关系不够正常，对上级机关的检查和批评不够虚心。（见1954年7月1日市高校党委办公室《四中全会决议学习第一阶段总结材料》）而马寅初夹在其间，上下不得参与过问，小心观察两边的形势，不敢随意表态，只能高挂悠闲无事的姿态。
