在城内搜索出来的中国俘虏越来越多，他们有的被货车运到下关江边直接“处理”了，有的是整编制的一营一团甚至一旅的俘虏，日军也有些顾忌，所以先把俘虏押送到江边的那些废弃的仓库里，骗俘虏要给他们“安置”，其实也是为了掩耳盗铃地实施更残暴的“处理”——“仓库被塞得满满的。过了几天，工兵往那里点上火。虽然是命令，但还是可怜，全给杀掉或蒸烤死了。南京的仓库是用砖和镀锌铁皮做成的，所以从仓库的窗户里到处冒出滚滚黑烟。仓库里全是中国人，再也没有（装人的仓库）了，于是让中国人排成4列，不是几十米，而是更长。他们密密麻麻地排成队，数量惊人。我们排好几挺重机枪和轻机枪。随着一声‘打’的命令，就‘啪啪啪’地开始扫射了。不仅是我们中队，是所有在那儿的联队都干了。”原日第16师团33联队第3大队老兵大田俊夫如此说。
日山炮兵第19联队8中队伍长近藤荣四郎在他的《出征日志》里也记录了他参与12月16日的一次江边“行动”：
……今晚两万俘虏收容所起了火。去和警戒中队的兵换班。终于决定今天把俘虏之三分之一、约七千人在扬子江畔枪杀。我们去护卫，于是全部处置完毕。残余未死者以刺刀刺杀。
月亮挂在山顶上。在皎洁清幽的月光下，临死者痛苦的呻吟声真是无比凄惨。如若不是在战场上是见不到这种景象的。九时半左右回来。这番场景终生难忘。
日军在16、17、18日三天内，对从幕府山下来投降的17000多名中国俘虏，用同样的方法实施了集体屠杀。
为了求证这样的血腥事件，笔者从史料中找到了当时的日军现场记录。比如与近藤荣四郎同一个联队的黑须信忠在16日的“日记”中这样说：午后一时，从我炮弹兵抽出20名去幕府山方面扫荡残敌。二三日前俘虏的支那兵之一部分五千余人被领到扬子江岸边用机关枪射杀了。其后再以刺刀恣意刺杀。我也在此时刺杀了绝对可憎的支那兵约30人。
登上成山的死人身上去突刺时的心情，就是要拿出压倒魔鬼的勇气，用足了力气去突刺。支那兵在呜咽呻吟，既有年长的，也有小孩，一个不留统统杀死，试着用刀把头砍下来。这样的事真是迄今从来没有的稀罕事……回来已午后八时，手腕相当疲劳。
听听，这样的魔鬼杀中国人时的心境是何等残暴，把他们的暴徒与魔鬼心态表现得淋漓尽致！
士兵目黑福治的“日记”记得简单，却把日军犯下的事实和杀害中国俘虏的数量说得再清楚不过：
16日：午后四时山田部队枪杀了俘虏的敌兵约七千人。扬子江岸上一时间成了死人山，其状极惨。
17日：午后五时去执行任务，枪杀了敌兵约一万三千名。这两天内山田部队杀了近二万人。各部队的俘虏似要全部枪杀。
18日：午前三时左右起风下雪。早上起床见各山顶都顶着白雪，这是初雪。南京城内外集结的部队约十个师团。休养。午后五时枪杀残敌一万三千余人。
19日：本来应该休息，却于六时起床。把昨天枪杀的敌尸体一万数千名扔到扬子江里，一直到午后一时。
没有比这样的暴行更残忍的了！杀人在日军眼里已经变得很平淡很平常，中国人甚至连猪狗都不如。
俘虏兵的可怜无法想象。当时从幕府山等其他地方败下阵来的中国军人投降以后，他们以为日军至少会按国际惯例尊重俘虏的基本生存权利，但日军根本无视国际法和基本的人道主义。在俘虏们被押至江边关进仓库后，仍不知即将到来的死亡，中方俘虏中还有人向看管他们的现场日本军官写纸条恳求给一点点饭吃，从其文字里我们可以看到这些俘虏的悲惨情形和日军根本无视他们直至残杀俘虏的暴行。保存这份中国俘虏恳请纸条的是日军少尉天野三郎，当时他将这份东西寄给了国内的亲属：
