一九三九年 四十六岁
十一月中，日军在北海防城登陆。二十四日，南宁失陷，邕宾路上的战略要地昆仑关亦入敌手。白崇禧建议使用中国军队仅有的机械化部队杜聿明第五军反攻昆仑关，然后收复南宁。蒋介石复电同意。
十二月十七日，反攻昆仑关开始，到三十日始完全克复昆仑关。日军继续增援，其一部生力军从永淳渡江进袭我后方宾阳，以致昆仑关得而复失，前功尽弃。
一九四〇年 四十七岁
二月二十五日，蒋介石在柳州，召集军事会议。会上给白以降级处分，责其在桂南会战中督率不力。
四月，蒋介石将桂林行营撤销。
五月，白氏回重庆继续担任副总参谋长兼军训部长原职。
十月，何应钦、白崇禧被派与周恩来、叶剑英会商军事问题。久久未得协议。十月十九日，何、白发表皓电，令江南新四军及华北八路军各部限期集中黄河以北。
十一月九日，八路军朱德、彭德怀总副司令及新四军叶挺、项英正副军长复何应钦、白崇禧电，表示为了顾全大局，挽救危亡，朱、彭、叶、项在电中允将新四军江南部队北移。
一九四一年 四十八岁
一月十五日上午，何应钦召集会议，商新四军善后问题。
一九四二年 四十九岁
在壁山西温泉，兼摄军训部部务。
一九四三年 五十岁
七月，蒋介石派白崇禧到兰州，办理善后事宜。
一九四四年 五十一岁
日寇沿粤线南犯，长衡会战爆发。蒋介石原要白崇禧前往第四、第九两战区指挥作战，白氏仅允传达统帅意旨，而不愿担任指挥任务。
六月二十二日，白崇禧从重庆飞桂林，先与第四战区司令长官张发奎会商，派第十六集团军副总司令韦云淞为桂林防守司令。
七月十四日，去湖南晤第九战区薛岳，建议该战区主力应部署在湘桂铁路两侧，使日敌不敢沿湘桂路直驱直入而攻桂林，薛不允。
十月三十日，白崇禧从柳州飞返重庆，向蒋介石报告湘桂战况，仍要求第九战区主力，应集中湘桂沿线作战。后来薛岳虽将杨森兵团、李玉堂兵团调入广西，但为时过迟，与第十六集团军未能紧密配合，终于出现湘桂大撤退、一泻千里的局面，蒋介石对韦云淞未能久守桂林，颇多指责。
日寇切断平汉线后，白崇禧建议划大别山区为第十战区，以李品仙为司令长官。
一九四五年 五十二岁
李品仙任第十战区司令长官后，蒋介石即于二月十日调第五战区司令长官李宗仁为汉中行营主任，由实而虚．蒋介石不欲广西军人势力过于强大，此举明若观火。
八月十日，日寇接受《波茨坦宣言》，向中、美、英、苏四国请求投降。
十月一日，蒋介石以李宗仁为北平行辕主任。
十一月，蒋氏在重庆召集复员整军会议。会前白崇禧期期以为不可，他对蒋氏说，一九二八年，小汤山裁兵会议，殷鉴不远，一为之甚，其可再乎？！但蒋介石不听。后来事实证明，整军后果极为严重。
一九四六年 五十三岁
六月，国防部成立，以白崇禧为国防部长，陈诚为参谋总长。在征求意见时，白崇禧坚持异议， 认为天下还不太平，改组军事机构非当务之急。如果要打仗，以何应钦的中国陆军总司令来指挥最为适当。蒋介石不仅不接纳，反把何应钦调到联合国担任军事代表。
