但这并不代表各部门对政策方案毫无争议。例如，在2004年就有一次关于是否要遏制经济过热趋势的激烈讨论。国家发改委倾向于采取行政性措施来应对来自具体行业的压力，然而中国人民银行希望采取传统的货币紧缩政策。意料之中，国家发改委赢得了这场争论的胜利，也证明了其在决策领域上不可撼动的地位。
国家发改委是中国政府中最类似“大部制”的机构，其地位凌驾于国务院内其他所有的组成部门，在世界主要经济体中也不存在具有相似职能的部门。国家发改委负责在宏观层面和微观层面上制定战略、方针以及贯彻落实，而且在中国社会主义市场经济中，利用“看得见的手”和“看不见的手”保持市场均衡、协调。
