皇帝们很少有正德这样的精力来整治政府和土地赋税，大部分人只是任由账簿慢慢腐烂。因为国库空虚，他们停止了军队的军饷供给（1569年，当时的兵部侍郎承认他只能找到花名册上1/4的士兵）。毕竟，贿赂蒙古人比和他们打仗要便宜得多。
皇帝们还停止了对海军军费的拨付，即使这些海军要承担镇压沿海黑市贸易这样的重任。自从14世纪明朝洪武皇帝禁止私人海上贸易以后，这一地下黑市就逐渐发展起来。沿着中国海岸线从南向北，中国、日本、葡萄牙的走私者们经营着利润丰厚的生意，购买最先进的滑膛枪并逐渐变成海盗，而且他们在武器数量上已远远超过了那些拦截他们的海岸巡防军队。也许这些海岸巡逻队并没有真的试图拦截，因为来自走私者们的回扣是他们主要的额外收益。
中国的海防越来越类似于那些像《火线》这样的警匪电视剧，金钱交易的流动，逐渐混淆了暴力罪犯、地方名流和腐败官员间的界限。一位正直而天真的政府官员曾经真的遵循法律处决了一个走私团伙，尽管这些人中的一个是一位法官的叔叔。然后有人动用了关系，这名官员被解除了官职，后来他在皇帝宣布通缉他时选择了自杀。
在16世纪50年代，政府实际上丧失了对海岸防线的控制。走私者们成了海盗王，控制了20个城市，甚至扬言要抢掠位于南京的皇陵，最终由一群政治精明而且廉洁的官员将其打败。改革者们利用一支由3 000名火枪手组成的秘密军队（因其统帅戚继光而被称为“戚家军”，是那些常胜军队中最有名的一支）打了一场战争。这支军队有时是由政府提供资金，有时却得到不到政府的资助，而是由一位扬州知府向当地富户征收额外税款并暗地里提供给他们。戚继光领导的戚家军表明，只要有足够的决心，大明帝国还是可以击败挑战者的，而他们抗倭的成功也开启了一个（短暂的）改革时代。戚继光后来被调派戍守北方，在此期间他改进了长城的边防，建造了敌楼，在敌楼之间调派了训练有素的火枪手，像一个世纪前匈牙利人在与奥斯曼大帝的战争中使用的车轮堡那样将火炮架到马车上。
16世纪70年代，中国历史上最能干但又颇具争议的宰相张居正改革了税收制度，收清了所有的欠账，并改革军队使之更现代化。他提拔了许多能干的年轻将领，比如戚继光，并亲自监督年幼的万历皇帝的教育。国库重新充实了，军队也再一次振兴，但是在1582年张居正死后官僚体系再一次反击。张居正死后遭到了贬黜，他派系下的官员也都被解除了官职，值得尊敬的抗倭英雄戚继光死时孤独一人，一贫如洗，就连他的妻子也抛弃了他。
自从能干的首辅张居正死后，万历皇帝在每件政务上都备受挫折，最终失去了耐心，在1589年开始了罢工。他退缩到一个自我放纵的世界中，在服装上大肆挥霍，变得大腹便便以至于需要有人在旁搀扶才能站起来。其间有25年他都拒绝上朝，留下一帮大臣们对着空空的宝座叩头。这期间没有任何政策得到执行与实施，没有任何官员得到任用与提拔。1612年时大明帝国中一半的官位都无人担当，朝堂之上未办理的案件已经积压数年之久。
