在这场跨世纪的反恐斗争中，俄罗斯付出了4000多名将士生命和上千亿美元资金的高昂代价，安全部门也积累了不少宝贵经验。
经验之一：平叛与反恐不可分割
车臣军事行动前期以镇压武装叛乱为主，后期以反恐为主。
在军事行动开始前，安全会议研究了以色列建国前在巴勒斯坦境内的武装行动，巴勒斯坦激进分子在以色列境内的袭击行动，以及东欧剧变后阿尔巴尼亚族武装分子在科索沃的行动，发现其手法与车臣武装分子相同。
俄军指挥部重视战术手法的运用。例如，把武装分子引到布雷区聚而歼之，深入武装分子后方搞突袭。
在平叛阶段，国防部、内务部、安全局和紧急情况部这四大强力部门协同作战，以国防部为主，其余各部在行政上服从军事首长；在随后的反恐阶段，则以内务部和安全局为主，重视心理战、信息战和新闻战的作用、地位和功能。
经验之二：“以车治车”
安全会议曾提出两条建议，一是尽可能广泛地吸收忠于中央政府的当地军事化机构和居民参与平叛行动；二是在国防军和内卫部队摧毁车臣武装分子主力后，让冲突“车臣化”，争取车臣非法武装的上层分子和动摇分子。
2000年普京任命曾经同情非法武装的车臣大穆夫提艾哈迈德·卡德罗夫为车臣行政首脑（后为车臣总统）。2004年5月老卡德罗夫死于恐怖袭击后，又让他的儿子任总理，随后任总统。如今小卡德罗夫手下主要官员八成以上来自原先的车臣分裂主义分子。
2010年5月，时任总统梅德韦杰夫支持在北高加索恢复长老会议制度的主张，以改善当地法治。
经验之三：“花钱打不如花钱养”
打的代价是4000多军人牺牲、数万平民伤亡、数十万人流离失所、53％的家庭失去亲人、上千亿美元的军事开支和财产损失。重建车臣的联邦开支，2001年-2011年这11年的总和也远远不到100亿美元。2001年为24亿卢布（当时31卢布合1美元），2002年增加到45亿卢布（车臣当年GDP仅40亿卢布），后来增加到每年100多亿卢布，2008年-2011年共拨1206亿卢布。
