反恐反分裂，是安全会议的第一要务。
车臣问题目前依然是安全会议经常审议的主要问题之一。
俄罗斯总统网站2013年9月9日16时发布，普京总统当天在莫斯科西郊诺沃奥加廖沃总统官邸举行安全会议扩大会议，审议国家在北高加索联邦区政策的基本方针。
普京在会议开场白中强调了北高加索问题的重要性：北高加索人口潜力大，为国际交通要道，是地区关键，牵动黑海和里海地区。
他认为当前北高加索地区存在的主要问题是：恐怖主义威胁、安全挑战没有彻底消除；经济发展速度和社会福利水平低于全国平均水平，失业率全国最高，住房、医院、学校和幼托机构严重不足；预算资金被盗窃，仅安全机关2013年查出的就有65亿卢布；外国及其控制的社会组织和国际组织把北高加索看作扰乱俄罗斯的据点、丑化俄罗斯形象的把柄。
他提出5项紧迫任务：
一、提高社会经济发展速度和生活水平。
二、提高北高加索联邦区安全水平，用各强力部门之合力保证法制和社会治安，加强各部门工作的协调，探索反恐、反极端主义、反犯罪新方法。
三、通过反腐和反滥用职权，增强居民对政权机关的信任感。
四、对北高加索地区违反人权和人身自由的行为严惩不贷，挫败外国利用北高加索现有问题诋毁俄罗斯的阴谋。
五、解释政府在北高加索所做工作的目的和思路，如实告诉群众，现有问题复杂且涉及多方面，有的已久拖不决，难以一蹴而就。
为了协调联邦、联邦主体和地方三级行政机关的反恐行动，普京于2006年2月15日根据安全会议建议，成立了国家反恐委员会，由联邦安全局局长任主席。成员几乎囊括各强力部门、情报机关、联邦政府关键部门和议会两院领导人。同时，为了协调联邦主体境内各部门的反恐工作，在联邦主体一级也成立反恐委员会。
为了妥善调配反恐兵力和技术手段，国家反恐委员会还下设联邦行动司令部。
