安全会议日常工作由秘书和第一副秘书领导。现任秘书为帕特鲁舍夫，第一副秘书为阿韦里扬诺夫。此外有5名副秘书和3名秘书助理。
安全会议下设学术委员会。主席由安全会议秘书担任，成员共150名。主要是强力部门等职能部门高官、强力部门科研机构负责人、俄罗斯科学院等研究机构知名学者和战略企业高管。其中科学院系统的领军人物有副院长拉维奥罗夫、舒尔茨和涅基佩洛夫，美加所所长罗戈夫，欧洲所所长小葛罗米柯，远东所所长季塔连科等。
安全会议成立至今，担任过秘书的共13人，其中名声最为显赫的有4位。
第一位是在“八·一九”关键时刻率空降师支持叶利钦的亚历山大·列别德中将。1996年6月，列别德参加总统大选，在首轮投票中得票率名列第三。在第二轮投票中，叶利钦联合列别德，战胜俄共主席久加诺夫，成功蝉联总统，随即任命列别德为安全会议秘书、总统国家安全助理及总统驻车臣全权代表。列别德忘乎所以，飞扬跋扈，不把恩公放在眼里，4个月后即被叶利钦以“犯了一系列不能容忍的错误，采取了一系列未同总统协商的行动”为由，解除了职务。2000年，他与普京竞选总统失败后死于飞机失事。
第二位是普京。他在被叶利钦委任为联邦总理前，曾于1999年3月到8月担任安全会议秘书，并兼任联邦安全局局长。
第三位是曾任国防部长和第一副总理、现任总统办公厅主任的伊万诺夫，任职时间为1999年11月至2000年5月。
伊万诺夫比普京小4个月，上世纪70年代曾与普京在克格勃列宁格勒局共事多年。
2007年9月，笔者出席普京创办的世界“俄国通”非政府组织“瓦尔代俱乐部”年会，有幸首次拜见伊万诺夫，当时他与梅德韦杰夫并列为普京的接班人。他在莫斯科友谊之家会见我们，时而俄语，时而英语（他曾在英国学英语），谈锋颇健。“俄国通”们仰望着这位身材魁梧、高鼻深目、气宇轩昂的退役上将，都猜测普京会让他接班。他享有对美强硬派声誉。
第四位是迄今为止任职时间最长的安全会议秘书帕特鲁舍夫，从2008年5月到现在，任期已经超过5年半。帕特鲁舍夫从1974年就读苏联克格勃高等学习班开始即投身国安事业，然后从克格勃列宁格勒反特部门初级侦察员做起，后于1999年接替普京担任联邦安全局局长，一口气干了8年多，成为克格勃—联邦安全局第一把手中任职时间仅次于已故前苏共中央总书记安德罗波夫（15年）的“老资格”。2008年5月梅德韦杰夫接替普京任总统后，他转业担任安全会议秘书。他于2000年荣膺“俄罗斯英雄”称号，获得过4枚“为国立功”勋章，以及其他5枚勋章和奖章。
迄今为止，担任过安全会议副秘书的共35人，其中最著名的要数叶利钦时代“七财阀”之一、号称“秃顶鬼才”的鲍里斯·别列佐夫斯基。
