美国“国家安全委员会”不是“国家的”，而是“总统”的，这是该机构与国防部、国务院和情报机构最根本的区别。美国“国家安全改革项目”智库提出，应将“国家”安全委员会，改名为“总统”安全委员会。这表明，美国国安会是为总统服务的幕僚和参谋机构，总统拥有对它近乎绝对的控制权。总统的个性、施政和管理风格及其与助手们的亲疏关系，决定着国安会的地位及发挥作用的方式。肯尼迪的总统国安助理邦迪说：“国家安全委员会只是总统的工具。总统根据需要用它来行使职权。国家安全法最大的优点是可以灵活应用。每任总统都得审时度势，让委员会适应时代潮流的变化。”可以说，尽管美国相关法律有种种规定，然而总统想让国安会发挥作用，它就能发挥作用；不想让它发挥作用，它就发挥不了作用。
对国安会体制的首个决定性影响来自罗斯福总统，这个影响是消极的。罗斯福喜欢独自掌控信息，秘密行动，只和一小群顾问商量，还经常以矛盾、模糊的观点和行动迷惑敌人，以巩固对权力的掌控。这一策略也迷惑了不少政府内部的同事。历史学家小阿瑟·施莱辛格说，罗斯福“慎重地组织了，也可以说打乱了他的指挥体系，以保证重大决策上令下行。他最热衷的手段是减少权力下放，让权责的界限模糊不清。这样一来，他把竞争引入政府，导致操作过程陷入混乱，怨声载道”。战争部长史汀生就很看不惯罗斯福这一套，在日记里写道：“在我服务过的领导者中罗斯福是最差劲的管理者，他既看不准人也无法使人相互协调起来；过去4年来，政府内部管理混乱，根本无法有条不紊地处理问题，导致了极其恶劣的影响。我这辈子都没见过。”罗斯福甚至公然向内阁成员吹嘘：“我是一个玩抛球的杂技师，从不让左膀右臂知道对方在干什么。”
罗斯福领导管理风格的最大受害者，是他的副总统杜鲁门。从1945年1月宣示就职到4月罗斯福去世，他们俩只正式见过两面。没人告诉杜鲁门有关原子弹和雅尔塔会议的情况，以及罗斯福与其他国家达成的秘密协议。因此，杜鲁门和其他政府官员决定必须做出改变，确保美国不再陷入类似的内部管理危机。杜鲁门积极推动美国国家安全战略管理改革，如建立统一的国防和军事机构。
后来大名鼎鼎的国安会，实际上是二战后美国军事改革的副产品。写过相关专著的美国学者吉格特提出，美国国安会与美军参谋长联席会议和中央情报局一样，属于有“故意设计的缺陷”的机构。二战后，美国海军坚决反对建立统一的军事机构，为此海军部长福雷斯特组织了一项大型研究，提出在国家最高战略层级设立安全委员会，确保美国海军有独立和直接的发言权，以避免设立统一的军事机构。杜鲁门当议员时曾发表题为《我国军队必须统一》的文章，提出“最终当然要将我国所有军事部门整合为一个部门，由一个人领导”。就任总统后，为推动军事改革，杜鲁门与海军达成妥协，海军接受统一的军事机构，杜鲁门接受国安会。如同历史上经常发生的那样，作为二战后美国国家安全领域奠定性的立法《国家安全法》，实际上是妥协的产物。这个将美国的“二战经验教训转变为法律”的法案，最初的主要目的，并不是设立国家安全委员会（它关于国安会的条文总共不过500字）。
罗斯福、杜鲁门的往事表明，美国总统与国家安全决策体制是一对很不对等的矛盾体。“屁股”决定“脑袋”，对于美国总统也不例外。罗斯福在任海军助理部长期间，曾大声疾呼加强跨部门协调，并写信给国务卿，建议加强军方与外交的协调（后来发现国务卿根本没拆看这封信）。一旦就任总统，罗斯福则大权独揽，不再提跨部门协调这回事。杜鲁门在二战前专门撰文呼吁加强军事的集中统一，加强安全领域的集中统一也顺理成章，但就任总统后，杜鲁门也不想受新体制的约束。杜鲁门虽然极力推动军事改革和整合，但作为总统并不希望其权力受到国安会的制约，因此，起初他对该机构的防范要大于使用。朝鲜战争爆发后，国安会体制的必要性和合理性凸显出来，杜鲁门经常性地通过召集国家安全委员会会议来进行决策。二战后历任美国总统都希望得到国安会体制的支持，但又不想受它的牵制。纵观60余年来总的发展历程，现状以及未来，不想让它发挥作用的难度，要大于让它发挥作用的难度。艾森豪威尔和老布什：
