苹果一体机必须在几个月之内进入市场，否则苹果公司就得歇业。为了加快设计进程，乔纳森开发了一套彻底的整合设计方案，这一做法改变了苹果公司研发新产品的方式。今天，苹果公司设计团队所使用的工作流程仍然在大体上延用了乔纳森的方法。
工业设计团队需要新的工具来使复杂的设计流程合理化，并且能允许设计师进行3D设计，还要能供外部工厂的工具制造者使用，以此为公司制造计算机外壳模具。产品设计团队的迈尔季·安德雷森（Marj Andresen）帮助乔纳森找到了尖端的CAD软件。由乔纳森发起的这一新式电脑辅助模型制作流程能够将不同的计算系统整合起来，并使用复杂的软件对数据代码进行翻译，从而使它们能够兼容协作。
“我的任务是在9个月之内让这一工具投入生产，”安德雷森回忆说，她自称是“计算机辅助设计、计算机辅助制造的临床医生”，因为她的任务就是支持精神高度紧张的设计师们。“从设计到投入生产，9个月的时间非常紧张，而且单单依靠图纸是不可能完成的，”安德雷森说，“我们唯一的希望是直接使用设计文件。可是新的工具有了，而这一流程却还没有在工程端和机械端得到验证。这真是个让人疯狂、兴奋而又激动的过程。”
在苹果一体诞生机之前，电气设计（硬件工程）和产品设计（机械工程）主导着设计过程。“他们根据工程限制来设计外壳的尺寸，而工业设计则需要去研制能够匹配这一尺寸的‘皮肤’。”苹果公司一位前设计工程师经理保罗·邓恩（Paul Dunn）说，“乔布斯回归苹果公司后，他和乔纳森一起彻底颠倒了这一过程。”
尽管乔纳森的工作室团队里有一个CAD小组，但当时CAD仍然处于早期阶段。设计师们大多还是用手绘素描和一些早期的相对粗糙的2DCAD软件来进行设计。但是乔纳森的团队需要的不是2D设计，而是3D设计。
他们在Alias Wavefront软件中找到了答案，这是一款在航空航天、汽车制造和渐成气候的电脑动画产业内应用的3D图形软件包。史蒂夫·乔布斯所创办的另一个公司皮克斯曾经运用这款软件包为《玩具总动员》制作过一些特效，这部动画片是在1995年上映的。
“苹果公司所进行的设计比我们任何一家同行业的竞争对手都要复杂得多。”邓恩说，“苹果一体机的表面不像是计算机产业的设计，而更像航空航天和汽车制造产业的设计……我们是在挑战极限。”24
