在执行密杀令时，也存在有争议的行动。据上海潜伏区的情报说，曾任北洋政府国务总理、广州护法军政府财政部长、政务总裁的国民党元老唐绍仪与日方专使秘密接触，欲图主政维持会。戴笠得到蒋介石批准后，下达了对唐绍仪的密杀令。周伟龙根据戴笠的命令，组织两名军统杀手，于1938年9月30日上午在上海租界福开森路唐绍仪的寓所，以送古玩为名，将唐绍仪用利斧砍死。事出之后，于右任、张继等一批国民党元老，认为唐绍仪投敌卖国证据不足，集体向蒋介石告状，要求缉凶，但是蒋介石只承认杀害唐绍仪时间过早，就以自己名义，发唁电给唐绍仪遗属、送治丧费等，将这件血案遮掩过去。
抗日战争爆发后，戴笠指示各外勤区、站迅速布置潜伏特务，应对沦陷区的情报工作。再就是规定特务处的工作立即转入战时体制，精简机关，充实一线人员，提高办事效能，以适应战时需要。戴笠同时又发布命令，抗战期间特工严禁结婚，违者处5年以上、10年以下徒刑。7月中旬，戴笠亲自赶到上海布置对日作战和潜伏工作。一天，在法租界枫林桥附近的寓所里，戴笠主持召开军统上海区组长以上的骨干特工开会，讨论在吴淞、江湾、虹口和闸北三个地点建立潜伏组织的人事问题。因虹口和闸北地区是当时日本人比较集中的居住地区，过去只派特务朱松舟在虹口开当铺搞情报，曾经搜集到一些比较重要的情报，因此戴笠很重视虹口地区的潜伏力量配备，配备了10名左右的组员和1部电台，针对日本重要人物实施“密裁行动”。
中国进入抗日战争最艰难的时期，利用谋杀方式除奸灭害，对防止国内敌对势力的分裂行为，有着极强的震慑作用。戴笠是密杀令的忠实执行者。利用非常手段制裁手段，打击敌对势力，是军统的重要一项工作。但是，对日伪高层的谋杀，成功率几乎是零。所以陈立夫很是瞧不起戴笠，认为靠打打杀杀消灭不了日伪政权。只有蒋介石相信利用暗杀等手段可以彻底解决问题。蒋介石对戴笠多次发出密杀令，要求军统尽快处理掉这些民族败类和日本军官。
戴笠立即向全国各地军统工作站发出“密杀令”，全部是由蒋介石“钦定”，戴笠是忠实的执行者。后世有人评价说戴笠是杀人狂魔，滥杀无辜。其实，他只是组织、策划与坚决的执行者。蒋介石作为国民党的党首，他拥有至高无上的权力，把制裁敌对的行动交由戴笠去完成，是最精明不过的了。抗战时期，蒋介石布置给军统局的暗杀令，大半是清除分裂势力与日本侵略军的高官。1940年至1941年军统就在上海制裁了二百多人，有日本派遣军的高官、汪伪政权的官吏与特务，沉重地打击了敌人嚣张气焰。
密杀令代表权威，也是一道魔咒，军统特工也深受其害。在执行“制裁行动”中，军统特工每年都有几百人葬身其间。抗战八年间，有一万六千多名特务死在对方的枪口下。
