哈拉帕也遭到了严重的破坏，古人们用来建造城市的砖块铺在了上百公里的轨道之下。幸运的是，由于废墟过于庞大，在它还没有被完全破坏时，迎来了坎宁安。
坎宁安出身于东印度公司的军队，擅长佛教遗址考古，显然，他也把这里当成了印度佛教的遗存，甚至认为是玄奘记载过的一座城市。他的考古工作如同是在与破坏抢时间，修铁路的人在挖掘、村民们修房子也在盗挖，剩给他的东西并不多。经过一系列的挖掘之后，坎宁安失望了，他根据玄奘的记载，认为这里会有四座高大的佛塔，然而挖掘的过程中却一座都没有发现，甚至连一点佛教的气息都没有。
这个以研究佛教见长的考古学家对于发掘出的一些小珠子、小陶器、小印章 并不感兴趣，他想要佛塔，于是他放弃了这里。
不过，出于考古学家的严谨，他发表了那些小物品——特别是一些带有动物纹饰的印章 （这是印度河文明的重要特征之一）。
坎宁安走后，又过了半个世纪，1920年，印度考古勘察队的指挥官约翰·马歇尔和他的助手再次对这个已经遭到严重破坏的遗址进行了发掘。这次，他们的关注点已经从佛塔转向了那些奇怪的印章 。
第二年，另一项同样伟大的发现在近600公里外的摩亨佐·达罗（Mohenjo\|daro）出现了。一位印度的考古学家巴纳吉在寻找佛教遗址时，发现了另一座不为人知的遗址，那儿充满了人的骸骨，也有许多奇怪的小印章 、小饰品、小雕像。那儿还有着巨大的城堡、复杂的城市系统，甚至还出现了文字。
马歇尔看到了这两处的遗址，终于意识到，他们发现的是另一个不为人知的文明，比西方的更久远、更发达，足以和中东的两河流域、埃及的尼罗河流域的文明相媲美。佛教出现在公元前6世纪，荷马史诗吟诵的时代大约是公元前10世纪，而这两处遗址却是公元前20世纪以前的产物，这个文明的早期甚至可以追溯到公元前5000年。
一个伟大的文明古国就这样被再次发现了。
后来，人们发现，印度河文明可能与中东的两河文明处于同一时期，比埃及和中国文明还要早。印度河畔星星点点地分布着上百个聚居点，从约公元前3000年一直持续到约公元前1000年。
