首先，九龙治水格局严重阻碍经济社会发展。
我国市场经济搞了30多年，迈出很大的步伐，但政府管理落后太多。例如，一个项目审批下来要跑33个部门及下属单位，开出147份文件，盖上205个公章。这么烦琐的程序走完一遍，浪费人力财力不说，可能早就错过了时机。湛江钢铁厂项目一等13年，到2012年才批下来，这时候全国钢铁产能早已经严重过剩，再上马还有意义吗？
比如，现在食品药品安全问题十分突出，引发社会的普遍恐慌和不满。从管理体制上看，我国食品安全是多头分散监管的。以农牧业产品为例，农业部门负责管理农产品的种养环节，质检部门负责管理加工环节，工商部门管理流通环节，最后的餐饮环节由药监部门把关。如果一种食品发生了中毒事件，究竟该查哪个环节呢？由于各部门责任界限模糊，就有了扯皮推诿的空间，出了事可能谁都不认账。
再比如，居民买菜要扔掉大量的菜帮菜叶，他们也想买择好的“净菜”，可是“净菜”进城真难：蔬菜在田间地头归农业部门管理，运输途中归交通部门管理，市场销售归工商、卫生防疫、市政、环卫部门分头管理，一棵青菜要分多少部门管？怎样提高效率？要知道，“净菜”进城本可以减少2/3的厨余垃圾，问题出在哪里？中国有句古话叫作“龙多不治水”。一件事切几段，一个衙门管一段，谁也别想从头管到尾，只要卡住一个环节，事情就办不成。
更要命的是神仙打架凡人遭殃，如西部某省为实现生态环保目标，农业部门积极贯彻执行“退牧还草、减畜减人”的政策，可是牧民却突然收到扶贫部门送来的牛和羊，地方政府到底该执行谁的政策？
这种“九龙治水”、“铁路警察各管一段”的政府管理体制越治越乱，经常是“按下葫芦漂起瓢”，至少在食品安全和环境保护两个领域已经丧失了有效监管的手段，还有自己的公信力。因此，理顺管理部门之间的相互关系，是政府机构改革中亟待解决的问题。
其次，画地为牢严重滋生腐败。
政府部门之所以不愿意简政放权，主要是因为涉及自身利益。很多基层政府部门都负担财政创收任务，指标层层化解到人，不去设卡怎么有机会“雁过拔毛”？不拼命创收怎么给那么多编制外人员发工资？这种层层设卡收“买路钱”的政府寻租行为，几乎堵死了经济正常运行轨道。大家十分疑惑：政府究竟是为了本地经济更好地发展，还是让自己部门的利益最大化？
如果简政放权，把政府不该管的事交给社会去管，放权给市场，放权给地方，就让腐败和寻租都没有了土壤。政府机构越庞大，管的事越多，就越容易滋生腐败，越容易寻租。
