尤科斯方面的人也提出了要求：“我们可以把枪放下，但前提是你们不能开枪。”
带队士官喊道：“把枪放下！把枪放下！否则我们就开火了！”
局势千钧一发，但霍多尔科夫斯基看上去却很镇静。显然，这些部队是来执行逮捕令的，而非要大开杀戒。他慢慢地穿过飞机的过道。
“我想你们是冲我来的，对吗？放下枪，我们可以好好谈谈，是不是？”
那名士官平静了一些。他一边命手下收缴尤科斯人员的武器，一边点头示意一名下士走下飞机。不一会儿，这位下士就带来两位宪兵，给霍多尔科夫斯基戴上了手铐。与此同时，保镖们也被解除了武装，被带到飞机后部。士官用步话机向其指挥官报告，目标已被抓获。
士兵对霍多尔科夫斯基进行搜身，并要求他穿上外套。但由于他已经戴上了手铐，无法穿衣，于是，他们又打开手铐，等他套上毛衫和蓝色毛外套之后，重新铐上。这时，那名士官明显如释重负。霍多尔科夫斯基问是谁下的逮捕令，士官耸了耸肩答道：“这和我无关，一会见到警察，你就明白了。”
因为要把霍多尔科夫斯基转到军用运输机上，士兵取出一个帆布头套，让他自己套在头上。霍多尔科夫斯基对此提出抗议，士官答道自己只是在执行命令，并且说时间不会太久。霍多尔科夫斯基将被带到机场的民兵自卫队驻扎地，在那里遭到监管，直到他们准备好飞机将他遣返回莫斯科。不到15分钟，飞机在伊尔库茨克着陆。这位“犯人”由两名警察押解着走下飞机，穿过停机坪，走向一辆在此等候的大巴。
在此期间，米哈伊尔·霍多尔科夫斯基曾提出要与自己的律师电话联系的要求，但始终无人理会。在没有暖气的警局里等了两个小时之后，在自己统辖的巨大石油资源的邻近地带，这位俄罗斯首富手戴镣铐，头罩帆布套，被押解到已在等候的转运飞机上。当时，暴风雪袭遍俄罗斯。飞机要在暴风雪中穿行六个小时，把他带回莫斯科，去面见普京总统的大检察官。