2012年，深圳市通过了《深圳市公立医院医药分开改革实施方案》，决定分阶段实施。第一阶段针对深圳基本医疗保险参保人，取消社会医疗保险定点医疗机构医保目录药品加成；第二阶段范围扩大到全部就医人群、全部药品。
深圳市公立医院医药分开改革实施方案中引入竞争机制重构医药市场格局，除了在行政决策层面的调整，深圳市医药分开改革还促使固有的医药市场格局重新洗牌。在取消药品加成的表述中，并非只限定于政府举办的公立医院，而是涵盖了所有的社会医疗保险定点医疗机构，包括民营医院。
为使药价达到合理水平，深圳市的改革方案还将进一步放开患者购药的选择空间，在保留公立医院门诊药房的前提下，允许患者凭医生处方到零售药店购买药品。
依据这一方案，深圳市将选择若干家大型连锁药品流通企业，配齐全市公立医院的所有用药药品，为公立医院开具的处方提供调剂服务。深圳市政府鼓励具备条件的社会零售药店申请医保定点资格，以公立医院周边区域为主，扩大基本医疗保险定点药店覆盖范围。
深圳医改方案迫使公立医院加强管理、降低成本、改善服务。在取消药品加成后，保留医院的门诊药房，尽可能地保障病人用药方便，同时也促进了社会零售药房规范管理。
伴随深圳医改，深圳市卫生部门专门出台了5条禁令：严禁收受药品经销商和医药代表等任何形式的药品回扣；严禁收受医用耗材、医疗设备、检验试剂、后勤物资、物业管理供应商等任何形式的回扣；严禁外泄“统方”信息；严禁收受药品、器械、耗材、试剂、后勤物资、物业管理供应商等利益相关人的礼金、红包；严禁医疗机构或科室在药品、仪器检查、化验检查及其他医学检查等医疗服务中开单提成。
