第二科为情报科，负责搜集情报，掌握敌情，对敌方的侦控机构进行反间谍工作。
陈赓为科长。那时，陈赓化名王庸，人称“王先生”。
第三科为行动科，负责打击对中共中央机关构成威胁的叛徒、特务，负责中共中央机关的安全工作。实际上就是原先的“红队”。以顾顺章为科长。
第四科为交通科，主要任务是保障上海及全国各地秘密交通网的正常运行，也负责中共中央的地下无线电台的报务工作。科长为李强。
其中，第二科建立后，便开展反间谍工作。在1928年，杨登瀛便成了第一个中共特工。杨登瀛，又名鲍君甫，他是陈立夫的亲信，是国民党中央驻上海的特派员。他为中共提供了大量机密情报。
紧接着，在1929年底，第二科又派出三员干将，潜入国民党高级特务机关。这三名干将便是李克农、钱壮飞和胡底。内中，钱壮飞担任了国民党中央组织部党务调查科主任徐恩曾的机要秘书。
在顾顺章叛变的千钧一发的关头，正是钱壮飞发挥了重要作用，才使中共避免了重大损失。
顾顺章叛变后，中共急令钱壮飞以及李克农、胡底，还有陈赓，立即撤离上海。主管情报工作的周恩来着手重整特别委员会。
周恩来点将，调来陈云主持特别委员会。在新的特别委员会会议上，周恩来宣布，由陈云、康生、潘汉年三人领导，陈云负总责，康生为副。
周恩来还宣布：
陈云兼一科科长，直接领导总务、财务、交通等工作；
