从中央文件上获悉这两项重大人事任命，刘华清心头涌起一股热流。3月28日，他毅然提笔给邓小平写信，要求澄清过去在国防科委工作中的问题，改变现状，调动工作。
5月3日，邓小平将刘华清的来信批转给叶剑英、张春桥和苏振华三人：“刘华清同志的问题，即便当时是中央处理的，现在也应由海军同科委作出实事求是的结论。至于他的工作，可由海军党委考虑，也可考虑回到科委工作。如何，请酌，并请振华同志过问一下。”
苏振华5月5日接到邓小平的批示后，立刻通告萧劲光、王宏坤、杜义德、卢仁灿等海军主要领导：“刘华清同志的问题，望在常委议一议，作个恰当的结论报告军委。”
萧劲光态度鲜明：“即照邓副主席批示办。”
王、杜、卢三人表示同意。
此前，刘华清曾打电话给萧劲光，向他坦陈自己的苦闷，并流露出解甲归田、退休养老的想法。
萧劲光哈哈大笑：“退休养老？你今年多大？我还没有退休呢！俗话说‘忍字头上一把刀’，学会忍耐，不要丧失信心。”
身为海军司令员，萧劲光十分同情这个他亲自迎进海军的老部下近几年的遭际，但却爱莫能助。从某种意义上说，他与刘华清是“同病相怜”。“文革”前期，他被林彪及其死党李作鹏等人整得死去活来；林彪倒台后，张春桥等人又给他戴上一顶“上了林彪贼船”的帽子，直到“四人帮”垮台后，他才得以平反昭雪。
8月中旬，海军酝酿调整领导班子方案，拟将刘华清下放到南海舰队任副政委。慑于“四人帮”的淫威，时任海军主要领导对刘华清采取了进一步打压的态势。
刘华清闻讯，不禁怒发冲冠：“骡日的！这是成心不让老子干海军啊！”
令刘华清没有想到的是，军委常委会否决了海军的方案。聂荣臻元帅随即电话通知刘华清：“你到科学院去，小平也赞成。”
于是，在1975年9月底，刘华清第二次调离海军，成为邓小平组织委派的以胡耀邦为首的中国科学院核心领导小组成员之一。
