太平天国研究历来有基本肯定和基本否定两派。这是正常的不同学术观点之争。但政治的介入，使问题复杂化了。
开其端的是孙中山。在他看来，“太平天国一朝为吾国民族大革命之辉煌史”，因而命追随者编就《太平天国战史》，并赞之为“今日吾党宣传排满好资料”。换句话说，赞扬太平天国就是赞扬革命，就是为革命的合法性提供依据。中国共产党崛起后，不少史家沿着孙中山的思路踵事增华，并摘引马克思的话以证明太平天国确是一场革命。以后进一步推到极端，一部近代中国史被说成是“三大革命（太平天国、义和团、辛亥革命）为纲”的历史。直至今日，我们的中学和大学的标准教科书，还是跳不出这个窠臼。
可是，不但义和团怎么说都与革命不搭界，太平天国是否称得上革命，也大有疑问。
从理论上看，洪秀全的纲领《天朝田亩制度》规定经济上实行彻底的绝对平均主义和公有制，“物物归上主”，实行一切财物归公的“圣库”制度；政治上则规定从最基层到中央，层层实行绝对的专制统治，政教合一，军政合一，行政和司法合一，百姓的劳动、教育、日常的一举一动全都在基层官员严密监控之下进行。总之，是一个极权统治的军事化社会。洪秀全更申明，“只有臣错没有君错，只有子错没有父错，只有妻错没有夫错”，“妻道在三从”，妇女“硬颈不听教”“起眼看丈夫”“眼左望右望”“面情不欢喜”“有喙不应声”都“该打”！明白无误是坚持三纲。从社会发展的眼光看，哪里有什么革命气息？
从实践看，更为荒唐。占领南京后，军政官员骄奢淫逸、贪污腐化，无所不为；杀戮臣下，互相残杀，血流成河；愚弄百姓，掠夺财物，劣迹斑斑；摧残文化，烧书删书，激起公愤。一般士兵夫妻不能团聚，军政官员则按级别分配女人，无不妻妾成群。这样的造反集团，哪有不覆灭之理？说他们比清帝国的统治集团更为进步，甚至不惜为他们加上一袭革命外衣，真是匪夷所思！
有人以洪仁玕提出的《资政新篇》作为他们思想先进乃至革命的根据。《资政新篇》确实是非常卓越的先进思想文献。洪秀全写下31条批语，除4条有所保留外，其余都写上：“是”或“此策是也”。洪仁玕1859年到达天京，20天后就受命掌理朝政。要是真正按他的思想办事，太平天国的历史确实可能改写。可是，洪秀全连当时可以立即施行的如改进统治集团内部关系的一些建议都不予理睬。从1859年4月到达天京到1864年6月太平天国覆没，洪仁玕生活在其中五年，权力较大的时间只有一年半，1861年2月后的权力便一再削弱，眼见大厦将倾而无能为力。以他的思想作为判断太平天国性质的根据过于勉强了。
有的史家还以马克思的赞扬作为肯定太平天国的根据。对现代学术来说，某一先哲的语录本来不是判断学术是非的根据，何况马克思学派对太平天国的否定，最早和最彻底的就是来自马克思本人。这场战争的初期，马克思确实曾满腔热情地赞颂太平天国。他说：“可以大胆预言，中国革命将把火星抛到现代工业体系的即将爆炸的地雷上……直接随之而来的将是欧洲大陆的政治革命。”（《中国革命和欧洲革命》1853年）可是，随着时间推移和对情况有更多了解，这位大思想家极其悲愤地作出新的论断：“除了改朝换代以外，他们没有给自己提出任何任务……他们给予民众的惊惶比给予老统治者们的惊惶还要厉害。他们的全部使命，好像仅仅是用丑恶万状的破坏来与停滞腐朽对立，这种破坏没有一点建设工作的苗头。”“显然，太平军就是中国人的幻想所描绘的那个魔鬼的in Persona（化身）。但是，只有在中国才能有这类魔鬼。这类魔鬼是停滞的社会生活的产物。”（《中国记事》1862年）也就是说，在马克思看来，清廷与太平天国不过是腐朽与丑恶的对立，两者并无本质的区别；他原认为是“革命”的太平天国之战，不过是屡见不鲜的改朝换代的新尝试；这种局面是当时中国社会生活停滞，未有新的社会生产力和新的社会力量的必然产物。
