吉本在这次会议上吃到了一颗软钉子，但他坚信自己的方向是正确的，于是继续改进各方面的细节。到1938 年, 在39次动物实验中，已有13 次可以获得存活，这在当时已是极为可贵的纪录了。吉本详细记录分析着每一只动物的死亡情况，发现死亡的主要原因是低血压、休克和低氧血症。问题总是随着实验的逐步深入而渐次浮出水面，那就一个一个地啃好了。虽然在当时，也有别的科学家为完善心肺机作出了贡献，但相关的最主要的难题多是由吉本解决的。高处不胜寒，这个孤独的领军人物在这一布满未知困难的领域里披荆斩棘，踯躅而行。
1942 年，就在吉本参军前夕，他已经建成了稍大一些的体外循环机。在军队期间虽然无法继续自己的研究，但是他一刻也不曾停止对这一问题的思考。战火的洗礼使他更加坚定了自己的信念。1946 年，杰斐逊医学院将吉本聘为外科学教授，并让其负责外科学研究工作，这样他又有了许多外科住院医师作为帮手，继续人工心肺机的改进。他的坚持与阶段性的成果终于使其获得了部分人的认可，在此期间他得到了美国国立卫生研究院（NIH）的资助，并受到IBM公司负责人汤姆·华森 （Thomas Watson）的赏识。得益于这两大巨头的经济和技术支持，吉本如虎添翼，打算大干一番了。有钱了，自然可以鸟枪换炮，实验动物也由猫改成了狗，吉本开始测试其最新制成的大容量心肺机的实验效果了。虽然实验过程中的主要问题还是由吉本负责，但IBM强大的技术力量为其助力颇多，又兼结合了其他同道的合理建议，人工心肺机在这一阶段得到了极大改进。
当时需要攻克的技术难点包括心肺机血流调节的精度问题，为抗凝血而加入的肝素与血液的比例问题，混合气体的比例问题，减少溶血的问题，防止各种血栓进入血管的问题，如何选择适当麻醉剂的问题……甚至器械拆卸、清洗、消毒、装配等琐碎的问题均须一一加以解决。这些问题（远非全部）罗列到一起，普通人看着都要头晕的，可吉本却凭着过人的智慧与精力与它们死磕。
经过对死亡动物的详细研究，吉本发现，一个极主要的死亡原因是脏器里的小血栓形成。这使吉本意识到，在血液回到动物体内之前，需要一个过滤器来去除转流过程中形成的栓子。开始，他们用动物的肺组织充当滤网，但这一招似乎没有奏效，实验动物还是死。而后，他们选用了一种人工材料的滤网，才使这一问题得以解决。
