到了秋天，即一九九九年十月，大家认为，《站台》的拍摄只是一次简单的预演，那时还没有成型的完整剧本(后来发现这一直是一个难题)，贾樟柯只是设想其中应该有一段黄河岸边的戏，当时的气氛应该是秋天，两岸一片黄色调。三四天的拍摄很顺利，而且在平遥城墙上的一段戏，证明了他选择女一号赵涛的正确。
顾峥介绍说，“几天以后在北京看见冲洗完的样片时，大家都对他选定的男一号提出了疑义，因为贾樟柯还是保持着选择非职业演员的方式，所以大家怀疑男一号是否能够演好。男一号长相冷峻、性格孤傲，是理想电影中的男一号。熟悉贾樟柯的人都知道影片《站台》是半自传性的，虽然他一直不愿意说明这一点。他怀疑用了这样一个男一号是否会美化了那个时候的生活，自己是否故意在回避当时的记忆。后来他决定原定的男二号王宏伟和男一号对换角色。”
二○○○年一月，《站台》开始了第二次拍摄。这次开机第一天，就恰逢狂风大作，室外经常是零下十几度，下了三场雪，交通不便，而且靠燃煤取暖的汾阳城整个灰蒙蒙的，使人感到压抑。
冬天主要拍摄影片中一九七九年的段落。在汾阳和平遥的老城区，许多建筑二十年间并无改变，无需改景，只需把后来的一些招牌和广告遮住就可以了。
冬季的最后一天是在一个村子的大礼堂里拍摄片中文工团的演出场面。那礼堂能容纳两千人，于是动员了全村的老乡来做群众演员，也只站满了半个礼堂。剧目是听说在“文革”中很红的表演唱《火车向着韶山跑》，由县文工团一个老导演指导他们按照当年的样子重新排演。夸张的形体，上口的歌词，许多非职业演员好像在这天感受到了一九七九年的气氛，表演的效果很好，老乡们不时发出笑声，他们把这当作一场喜剧来看。
贾樟柯在回北京的路上说，这不是一部歌舞片，这是一部史诗片，一部普通人的史诗。
二○○○年五月的一天，是拍摄期的最后一天，上午在坝上草原拍摄完走穴团遇到困难的场面，就坐着车往北京赶，还有两场内景需要在北京补完。一直到第二天凌晨才完成了最后一个镜头。其实不完成也没有胶片了。但大家好像都不希望这部电影有结束的一天。那天上午在地安门的小酒馆中看着天慢慢亮起来，无人的街道上渐渐车水马龙起来，天空落下雨滴。可能是太累了，喝了酒也不想睡觉。可这会儿真的是到了回家的时候了，就像《站台》中的人物一样，再美好的聚会也总有散场的时候。
