但深圳的经济试验并非一帆风顺。邓小平是当时最支持深圳的中国领导人。然而，1985年6月，邓小平承认：“深圳经济特区是个试验，路子走得是否对，还要看一看。它是社会主义的新生事物。搞成功是我们的愿望，不成功是一个经验嘛。”在中国领导人关于未来的展望中，从来不缺少分歧，但随着改革的推进他们不断调整，修正自己的观点。在改革之初，中国领导人曾团结一致要将中国建设成“社会主义现代化强国”（1978年）。不久之后，他们就将目标更改为建设“有中国特色的社会主义”（1982年），之后又变成“有计划的商品经济”（1984年），后来则是“有中国特色的社会主义市场经济”（1992年）。在这个过程中，随着中国共产党不断调整改革的目标，深圳不得不时时调整自己，尽最大努力去适应不断更改的党的路线。
作为改革试验的先锋，对深圳的批评声音从未停止过。总是先于当前的政策一步，深圳经常发现自己与当前的主流思想相悖。由于深圳和其他经济特区创建的目的在于利用资本主义实践经验来发展社会主义经济，这样的批评总是不可避免。建立经济特区的策略意味着深圳必须尝试一些资本主义的做法。这样一来，深圳不得不承受来自意识形态和实践双方面的巨大挑战。从实践方面来看，特区是个前所未有的全新试验，事事都得从头学，这个挑战的艰巨性不言而喻。从意识形态上来说，中国还没有作好接受市场经济的准备，深圳因此经常被认为是“精神污染”的来源，在1982年和1983年遭到了大量的攻击。直到1992年，邓小平找到了堵住这些攻击的方法：“不搞争论，是我的一个发明。不争论，是为了争取时间干。一争论就复杂了，把时间都争掉了，什么也干不成。不争论，大胆地试，大胆地闯。”
陈云和李先念从未到过深圳，尽管李先念当年曾经直接审批了蛇口工业区的计划。他们的这种做法一般被解读为他们不赞同开放政策，而且陈云的确曾经强烈反对设立经济特区。在李先念1992年逝世后，陈云写了一篇悼念他的文章，发表在7月21日的《人民日报》上。在这篇文章中，陈云提到了他和李先念从未去过深圳的事实：
但我们一直很注意特区建设，认为特区要办，必须不断总结经验，力求使特区办好。这几年，深圳特区经济已经初步从进口型转变成出口型，高层建筑拔地而起，发展确实很快。现在我们国家的经济建设规模比过去要大得多、复杂得多，过去行之有效的一些做法，在当前改革开放的新形势下很多已经不再适用。这就需要我们努力学习新的东西，不断探索和解决新的问题。
