离开少年宫，杨晨辗转进入北京芦城体育运动学校，后来和周宁一起调入北京青年队，因为年龄小，又被调整到北京青年三队。当时韩旭、周宁等人都被留在二队。
除了年龄小，杨晨认为，“我家里条件一般，也没有这个路子、那个路子的”。当时与杨晨一起在三队的，还有南方、李洪政。
被调整到三队后，杨晨心情郁闷，一度打算不踢了，继续读书，“我的学习成绩不错，考大学没问题”。
北京三队教练刘敏新及时找杨晨谈话，对他极尽挽留之情：“你跟着我好好练一年，肯定没问题。”
回心转意的杨晨，在三队的这一年进步明显，几乎包办了全队的所有进球。1992年，18岁的他从三队直接进入一队，并参加了 1993年的全国比赛，还入选了戚务生组建的国奥队。
1994年，中国足球职业联赛拉开帷幕，北京队更名为北京国安，杨晨身披 10号球衣征战甲 A联赛。队中，他和周宁是小字辈球员，“体能训练时，我俩跑在最前面；比赛中拼得最凶的就是我俩”。
刚到国安时，杨晨的月工资是 1200元，跟老队员没法比。“那时候小，不在乎工资，能挣钱就挺高兴了。”在国安效力，他的工资最高时，只有 1万元左右。
在国安那几年，杨晨过得并不如意。
刚开始，他要与高峰、高洪波、翟彪、谢峰等名将竞争，再后来，国安进攻端又是冈波斯、卡西亚诺、安德雷斯的天下。除此之外，伤病也不时来“串门”。1996年 4月，杨晨左腿半月板伤情严重，不得不手术。手术康复后，又在训练中与队友相撞，腓骨骨折。“接二连三地受伤，状态自然会受到影响”。
4年时间，杨晨为国安出场 55次，打进 7球。这还不及他后来在德甲法兰克福第一个赛季的进球多。
