司马睿为琅邪王的时候，王妃虞孟母没有生下儿子，而一个地位低下的宫人荀氏，却为司马睿生下了后来的明帝司马绍和司马裒。兄弟二人都由虞孟母抚养。除了这两个兄弟以外，司马睿的石婕妤生下了司马冲，王才人生下了司马晞，郑夫人生下了司马焕和以后的简文帝司马昱。后人从明帝司马绍的长相类似鲜卑人、其母荀氏来自燕代以及《晋书·刘聪载记》记载“鲜卑之众星布燕代”等方面，揣测司马绍有鲜卑血统。这当然是一个无解之谜。
司马睿在登基之初要立太子的时候，就曾经在司马绍与他的弟弟司马裒之间艰难抉择。当时的司马睿更加看好司马裒，只是在王导的反复劝说之下，才勉强立司马绍做了太子。不过，即便是在司马绍被立为太子以后，其太子之位也并不稳固。据《世说新语·方正》记载：司马睿登基以后，宠爱郑夫人，爱屋及乌，因而十分宠爱自己最小的儿子，也就是后来的简文帝司马昱。他打算废掉司马绍另立司马昱为太子。朝廷大臣都以为废长立少，不合礼仪。坚持这种观点的以周顗和王导为首，只有刁协同意皇帝的意见。司马睿想当机立断下诏施行，但又担心周顗和王导挑头反对。司马睿就想了一个办法，以商议军国大事为由，将王导、周顗、刁协等重臣召入宫中，趁着二位滞留宫中之机，让刁协出宫传达诏书。可是，当王导、周顗刚进宫门的时候，却有宦官传话说让二人先到东厢暂且休息。周顗还不明白，正准备走下台阶回身。王导却十分机灵，他一把推开传达命令的宦官，直接走到司马睿的御床前，对司马睿说：“不知道陛下您为什么要接见臣等？”司马睿内心有鬼，被问得哑口无言，慢慢从怀中取出写好的诏书，撕掉后狠狠地掷到一旁，自此司马睿才死了另立储君的心思。经过了这件事，周顗叹息着称赞王导：“我经常说自己比茂弘(王导的字)能力强。今天这件事以后，才知道自己不如茂弘啊！”
当然，最令司马睿纠结的，还是与王氏家族的权力斗争。
《晋书·元帝纪》称，司马睿开始的时候，颇以酒废事。在王导的严肃劝说下，司马睿竟然做出果断的举动，当即把酒泼到地上，真的就从此戒酒了。其实，王导也不是不喝酒的，而且他也根本就不办什么事，尤其到后期更是“遗落世事”，深为后人诟病。但是，王导却把司马睿管得非常之严，从另一件小事也可以体现这点。史书记载，王廙为母亲盖的房子超出了标准，作为皇帝的司马睿没有做出严厉的处罚，而是“流着眼泪去制止”。当然，王廙的母亲是司马睿的姨母，但是从中也可以看出，司马睿这个皇帝在王氏的巨大阴影下，是十分憋屈的。
不过，王氏家族再大，也不可能笼络住所有的朝臣。在东晋朝廷中，因为争权夺利、执政理念或者性格脾气不同等诸种原因，还有不少王氏家族的对立势力。
首先不得不提早已说过的刁协和刘隗。很多年以后，王导还念念不忘地说道：“刁玄亮之察察，戴若思之岩岩，卞望之之峰距。”刁协监督、制约州郡的做法，是“察察之政”。我们可以把“察察”理解为明辨是非，又可以把它理解为苛察。也许，王导本人在说这句话的时候，故意在卖着关子吧。
这句话中提到的另外两个人戴渊、卞壶，也是王氏家族的异己。戴渊性格豪侠，名气很大。司马睿到江东以后，戴渊做司马睿的镇东右司马。司马睿登基以后，曾想让戴渊任尚书仆射、护军将军等职，但都被戴渊推辞了。卞壶在司马睿过江之初，就被任命为从事中郎，委以选举之事，深受司马睿的信任。
