清太医院初设在北京正阳门内东江米巷，今东交民巷西口路北附近。太医院大门悬挂“太医院”匾。大门前左为“土地祠”，右为“听差处”。太医院有大堂五间，悬挂康熙帝御赐名医黄运的诗文：“神圣岂能再，调方最近情。存诚慎药性，仁术尽平生。”医生讲求“诚慎仁术”四字。大堂左侧南厅，是御医办公厅堂，右侧为北厅。后为先医庙，供奉伏羲、神农、黄帝的塑像，有康熙帝御书“永济群生”匾。先医庙里有铜人像，庙外有药王庙，庙连接大堂的是二堂、三堂。
光绪二十七年（1901年）《辛丑条约》后，东交民巷划为外国驻华使领馆区。翌年，太医院迁到新建衙署，在今地安门东大街113号院，大堂东西3间，进深3间，现基本保存。东院为药房。今前院有28户居民，后院为五中分校使用。太医院在宫内上驷院北，设有待诊、休息的处所，旧称“他坦”“他坦”，又作“塌潭”，为满语音译，汉意是“住屋、住所”。，岁月流失，现已无存。
明清的太医院，兼具卫生部、总医院、医学院和保健局四种功能。
康熙三十二年（1693年）五月，康熙帝因患疟疾，服用法国传教士洪若翰等进的金鸡纳霜（奎宁）而病愈。光绪二十四年（1898年）九月初四日，法国驻华公使馆多德福医生曾为光绪帝诊病开药。但是，太医院始终是以中医中药为主。
御医职掌主要八项：侍直、进御、扈从、奉差、储药、祭先医、诊视狱囚、施药等。其侍直，各以专科，分班轮值，在宫中称宫直，在外廷称六直。宫直在御药房及各宫外班房值班，六直在外直房（如畅春园、圆明园）值班。扈从，皇帝出巡，御医或奉旨点用，或按班轮直，都给夫马、车辆装载药材，还给账房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太医奉旨前往。还给监狱囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御医不一定都能给皇帝看病，给皇帝看病的不一定都是御医。
