军队禁止强奸的政策只是起到了鼓励士兵在强奸妇女后将她们杀死的作用。在为拍摄纪录片《以天皇的名义》所进行的一次采访中，日本老兵东史郎直言不讳地谈到日军在南京实施强奸并将受害者杀害的过程：
我们先是对她们说一些淫秽的话，像是“屁看看”，意思是“让妇女张开大腿看她们的私处”。那时，中国妇女不穿内裤，只穿外裤，然后用一根细绳系住，她们不用腰带。所以我们只要扯掉细绳，她们的臀部便暴露无遗，于是我们就“屁看看”。我们先将她们调戏一番，然后就会有人说“今天该我泡澡”之类的话，轮奸开始了。如果只是强奸她们的话，倒也没什么。当然我不该这样说。我们通常都会将她们刺死，因为死人不会告发我们。
当谈到这个问题时，田所耕三同东史郎一样坦率。“强奸后，我们还要杀死她们。”他回忆说，“强奸后只要一放开她们，有些妇女就会拔腿而逃。于是我们就‘砰’的一枪从背后射击，将她们解决掉。”仍然健在的老兵回忆说，许多日本士兵对此没有丝毫负罪感。“或许在强奸时，我们把她看作一个女人。”东史郎写道，“当杀掉她时，我们只是把她当作猪一般的动物而已。”
不仅士兵如此，各级军官也都荒淫不羁。（甚至连日军第6师团团长谷寿夫这样的高级将领，后来也被发现在南京对大约20名妇女犯有强奸罪。）一些军官不仅怂恿士兵在南京城里轮奸妇女，还告诫他们事后要将这些妇女处理掉，从而销毁罪证。“完事后要么给她们钱，要么在偏僻处将她们杀掉。”一位军官曾这样提醒下属。
松井石根到来
1937年12月17日上午，松井石根来参加庆祝占领南京的阅兵式，日军在这座城市的杀戮和强奸才略有收敛。松井石根大病初愈，肺结核的折磨使他仍显得很虚弱。他先是乘坐海军的汽艇溯江而上，然后换乘轿车来到南京城东中山门的三孔拱门处。他在那里骑上一匹栗色骏马，调转马头朝向东京天皇宫殿的方向，对着日本国家广播公司领呼三声天皇万岁：“天堂之阶最伟大的元帅——万岁——万万岁！”之后他策马驰向一条大道，路上的死尸已经被仔细清理干净，成千上万的士兵夹道欢迎他。松井最后到达城北的大都会饭店，当晚日军在那里为他举行了欢迎宴会。
据记载，松井在宴会期间已经开始怀疑在南京发生了极端可怕的事情，他当晚就召开参谋会议，并命令所有非军事所需的部队全部撤出南京。第二天，西方新闻媒体报道说，日军内部正在实施一个守口如瓶的大阴谋，以防松井石根知道南京暴行的全部真相。
