在12月的最后10天里，日军的摩托部队开始在南京巡逻，与此同时，荷枪实弹的日本士兵把守着所有街道、大路和小巷的入口。日军挨家挨户地要求市民打开大门欢迎胜利之师。然而店主刚一顺从，日军立即向他们开火。日军用这种方式屠杀了数以千计的市民，然后有计划地洗劫了他们的商店，并将那些对自己没用的东西付之一炬。
日本记者
这些暴行也使许多随军到南京的日本记者震惊不已。《每日新闻》的一名记者亲眼看到，日军让中国囚犯在中山门附近的城墙顶上站成一排，然后用步枪上的刺刀向他们猛刺过去，这一情景让他惊恐万分。这位记者写道：“囚犯们一个接一个地摔落到城墙外，鲜血四溅。这种阴森的气氛不禁让人毛骨悚然、四肢发抖。我茫然地站在那里，不知所措。”
不止他一个人有这种反应，许多记者（甚至是经验丰富的战地记者）也对这种毫无节制的暴力行为感到恐惧，于是他们将自己强烈的感受付诸笔墨，公开出版。一位日本随军记者今井正冈写道：
在下关码头，尸体堆成了黑乎乎的小山。50~100人在那里干苦力，将尸体拖下来抛入长江。尸体还滴着血，甚至有人还活着，四肢抽搐，并发出微弱的呻吟。苦力们一声不吭地忙碌着，仿佛在演一出哑剧。黑暗中，人们几乎看不到长江对岸。但在幽暗的月光下，码头上竟然有一大片闪着微光的泥迹。天啊！那里全是血！
过了一会儿，苦力们已经将所有尸体都投入长江，于是日本士兵让他们沿江站成一排。然后我听到了机关枪“砰砰砰”的响声。苦力们向后倒去，跌入长江，被汹涌的怒涛吞没。哑剧到此结束。
据现场的一位日本军官估计，这次大约有2万人被杀。
日本随军记者小俣行男曾经目睹中国战俘被带到下关后排着队沿江站立的情景。他写道：
