随着哺乳动物的体型越来越大，行为也越来越趋向于变化（恐龙灭绝后），大脑改造仍持续进行。社会化行为比较高的哺乳动物，尤其是灵长类动物，其大脑则发展出一层新的神经组织，这层新的神经组织绕着边缘系统一路延展。这个新的大脑皮层前半部特别有趣，因为它有一部分似乎并未专司特定任务(如移动手指或处理声音)。相反，它是用来制造新的联结，以用于思考、计划及决策——即让有机体摆脱只能针对眼前情况做出反应的命运，以便进行更复杂的运作。
额叶皮层(frontal cortex)的出现似乎可以解释我们现在所体验到的心理分歧。或许，额叶皮层乃理性之所在——它是柏拉图所说的马车夫，是圣保罗所称的圣灵。额叶皮层已从原始的边缘系统——柏拉图口中的劣马、圣保罗所称的情欲的手中拿下控制权。我们可以称这种解释为普罗米修斯版的人类进化故事，因为普罗米修斯这个希腊神话中的角色从众神手中偷了火种，然后把火种交给人类。依据普罗米修斯版的人类进化故事，人类祖先的行为原本受原始情欲及边缘系统的冲动所主宰，一直到他们收到天神所赐予的理性时——这理性就安装在新长出来的新大脑皮层上，人类才终于摆脱了本能的控制。
普罗米修斯版的人类进化故事听来颇让人心动，它使人类的地位高于其他动物，而人类之所以优于其他动物，就是因为人类有理性。同时，这个故事也让我们注意到，人类还不是神——理性之火对人类来说还是个新玩意儿，人类尚未完全掌握理性的运用。普罗米修斯版的人类进化故事，也相当符合我们对边缘系统及额叶皮层的一些重要的早期研究结果。例如，当下丘脑部分区域直接受到细小电流的刺激时，老鼠、猫等其他哺乳动物会变得贪吃、狼吞虎咽或性欲高涨，由此我们可看出，边缘系统隐藏着许多基本的动物本能。相反，当人的额叶皮层受到伤害时，人的性欲及攻击行为有时会明显增强，因为额叶皮层是压抑或抑制冲动反应的要害。
弗吉尼亚大学附属医院最近就出现一个类似的病例。一位40多岁的男老师突然开始跑去找妓女，逛儿童色情网站，还对年轻女孩子提出猥亵要求。他很快就遭到警察逮捕，被判猥亵儿童罪。被判刑的前一天，他头痛欲裂，便跑到急诊室挂急诊，之前他还一时兴起想强暴他的房东太太（他太太早在几个月前就将他赶出家门)。他在跟医生说话的时候，居然还问经过的护士想不想跟他睡觉。医生扫描过他的脑部后发现，他的额叶皮层长了一个巨大的肿瘤，严重压迫脑部其他部位，让他的额叶皮层无法发挥原有功能——抑制不当行为及思考可能后果。动过肿瘤手术后，他这种性欲过度的行为消失了，但是第二年，他的脑部又长出一颗肿瘤，于是同样的症状又出现了，直到又动了手术拿掉肿瘤之后，他性欲过度的症状才再度消失。
不过，普罗米修斯版的人类进化故事有一个缺点：它假设理性是安置在额叶皮层的，而情绪则隐身于边缘系统中，并由理性来主导。事实上，额叶皮层让人类感情与情绪的发展变得更丰富。前额叶皮层(prefrontal cortex)的下侧第三部位称为眼窝前额皮层，因为大脑这个部位刚好位于眼睛上方。人类及其他灵长类动物在这个部位的大脑皮层长得特别大，每当人类及其他灵长类动物情绪有所反应时，该部位皮层亦是大脑出现明显活动的区域之一。当我们在评估种种利弊得失的可能性时，眼窝前额皮层在此扮演着最重要的角色。只要大脑感觉到眼前有享乐、疼痛或得失的可能时，这个部位的大脑皮层马上就会反应。每当我们受美食、美景或魅力人士吸引，或对死掉的动物、难听的歌曲、相亲对象感到反感时，眼窝前额皮层就在强力放送让我们产生“想要接近”或“想要跑掉”的情绪。看来，眼窝前额皮层的功能比较接近“本我”或圣保罗口中的“情欲”，而非“超我”或圣保罗口中的“圣灵”。
