对于这一恶行，左宗棠是否应该承担责任呢？作为陕甘总督，左宗棠必须承担历史责任。这次事件与左宗棠历来正确的民族政策严重不合。其主要原因在于：双方因军事战争杀红了眼，肃州之战长达1年9个月，清军损失严重，报复之心强烈，左宗棠作为统帅没有看到兵将情绪变化本身就是失职。
左宗棠1868年9月进入陕西，至1873年10月肃州被攻占历时五年。而此前，回民起义自1862年5月开始历时6年。前后长达11年的陕甘回民起义，因为清廷的残暴统治、汉回居住地纷争等引发的冲突没有得到恰当处理，所以导致作为同属中华民族的汉回同胞发生了严重冲突，这是任何有良知的人都不愿意看到的。
这一事件皆因双方上层的政治和物质利益纷争导致，任何一个有良知的人都应该以历史为鉴。其间，双方中都出现过褊狭民族主义，结果造成误会、仇恨越来越深。这种教训应该为今人吸取，但愿这种事情永远不要再出现，中华民族的团结高于一切。
其后，左宗棠遇到了如何安置回民和汉民难民的问题。为此，左宗棠受到了陕甘（甘包括现在甘肃、青海、宁夏）四省的一些满汉官民的咒骂，但历史证明他做得是对的。陕甘安定后，左宗棠主要面对的就是如何安置背井离乡的回民。
