2005年，沈祥福回到国安取代执行主教练魏克兴。此时，沈祥福面临又一批队员退役，周宁、南方、韩旭、姚健在绿茵场上的身影从此成为人们的记忆，而沈祥福引进国奥弟子张耀坤、曲波和吴坪枫的努力未能如愿。上个赛季证明足金足两的外援匈牙利国脚科内塞留恋欧洲的足球氛围没有回来，于是挖掘新人和利用好现有外援成为沈祥福的唯一选择。外援中阿莱克斯增加了国安防守的厚度。之前名不见经传的耶利奇，竟然以21个进球成为2005年中超联赛最佳射手，并获得中国足球先生的称号。这是国安以前从未有过的荣誉。北京球迷都记得，后来全场“耶——利奇”的欢呼成为2005年工体最热烈的声浪。但是，在与耶利奇续约谈判的时候，据说最终因2万美元的差距未能谈拢而告吹。耶利奇转到厦门蓝狮，在国安时的辉煌再没出现。2006年接替耶利奇来国安的外援玻利维亚国脚米尔顿竟然10场比赛1球不进！为了弥补神射手耶利奇离开的损失，国安再度请回匈牙利国脚科内塞，但他已不复当年之勇。阿莱克斯也在需要照顾妻子的借口下，不惜赔偿违约金转投家乡球队，这给沈祥福带来不小的困难。好在国内球员阵容已经均衡，徐云龙和转会来的周挺以及张帅组成国内一流的防线，中场的陶伟、杨璞、隋东亮、杨昊、路姜、黄博文、王长庆也兵强马壮，前锋闫相闯、杜文辉、徐宁、商毅等虽没有中后场人才丰盈，但在中超国内前锋中也说得过去，尤其这一年开始启用年轻的守门员杨智——后来成为国家队主力门将。
沈祥福2005年带国安取得第六，比上一年有所提升；2006年获得第三，进步幅度不小。沈祥福也根据球队的实际情况，审时度势地将国安队的打法从第一年注重进攻变为第二年的防守反击。在他任期内确立了陶伟组织进攻的核心地位。陶伟在运动生涯的后期悟透了组织进攻的意识，他调度有方、控制节奏，传球颇有穿透力，任意球屡屡建功，成为国安队场上运行的大脑和攻防转换的桥梁。
作为几届国奥队主教练，善于发现新人是沈祥福的强项。他挖掘的新人闫相闯、黄博文出手不凡，他定下的阵容为几年后国安首获冠军做了很好的人才储备。沈祥福极力希望培养一个年轻的实力派守门员，他委托李立新多打听一下。李立新说：“广东有个小伙子，叫杨智，虽然现在默默无闻，但如果来咱们这里，肯定会有发展。”总经理杨祖武和沈祥福都表示，哪天把他叫到北京来看看。
