1896年农历的六月二十日，阳历７月３０日，正是夏季最酷热的时刻，何思源出生在山东省曹州府菏泽城里西典当街的祖宅里。他的出生很平常，像普通人家的孩子出生一样。但他出生的时候，又正值一个惊心动魄的大时代，他出生的上一年先是甲午战争，后是“公车上书”。照中国传统的说法，秀才考上举人后，举人进京去考进士，称为在“公车”，“公车上书”就是举人向皇帝上请愿书，也就是联考前的考生们向统治者上书。这种上书，在中国早有传统可循，那就是后汉大学士向皇帝上书的事。所以，上书虽然有点越位，却并非不合传统。日本逼签《马关条约》的消息传到北京，正好是各省举人到京师考进士的日子，康有为、梁启超也都从广东赶来了。在中国日本签订《马关条约》的消息传来后的第十三天，梁启超首先联合了广东举人190人上书，力陈时局，两天以后，康有为联合各省举人1200人，聚会在松筠庵，上书请求变法。在上书的过程里，台湾来的举人更是痛心疾首，因为在《马关条约》中，台湾要割给日本人了。这次上书是由康有为起草，他花了一天两夜的时间，写成一万多字的请愿书，可是，对一个江河日下的政权说来，请愿是无效的。上书须经过都察院这个衙门转奏，而都察院却不肯转奏，理由是清朝政府已经批准了《马关条约》，没什么好谈的了。
这是何思源出生前一年的事。但是人的出生总是和他的时代有着千丝万缕的联系，人是在不能自我选择的时候来到世间的，不管你愿意与否，你的啼哭报告了你在世间的消息，来到了世间，总是要活下去，于是你便和时代产生了联系，时代的风雨变幻便在你的身上刻下或深或浅的印记。而何思源出生后的一年，在他的出生地曹州发生了中国近代史上一个惊天动地的大事——“巨野教案”。
