直到1942年6月，由于无法查实这些人的抗日事实，日寇将他们分别判处缓刑，予以释放。侯仁之以“以心传心、抗日反日”的罪名被判处有期徒刑一年，缓刑三年，取保出狱。他前往天津岳父家中与家人团聚，并见到了刚出生4个月的女儿，其时其情，永难忘记。
侯仁之在天津三年，边在学校教书，边继续进行学术研究，相继写出了《天津史表长编草例》、《北平金水河考》等论著。但是，根据洪业老师的嘱咐，为了不被日寇利用，直到抗日战争胜利后才予以发表。同时，他仍然坚持长跑，保持强健的体魄以迎接胜利的到来。
1945年8月15日，日寇投降。三天后，刚被释放的司徒雷登便召集洪业、侯仁之等5人开会，决定马上成立复校工作委员会。司徒雷登提出：原燕大的教职员工，凡是在沦陷期间丧失气节、为日伪政权工作过的，一律不得参加复校工作。10月10日，燕大开学典礼在大礼堂隆重举行。未名湖畔钟亭里的大钟在沉寂了3年零10个月以后再一次敲响了。
1946年8月，侯仁之又开始他的“长跑”了──这次“跑”得远：前往英国利物浦大学，投师著名历史地理学家达比教授门下。由此，他正式迈进了现代历史地理学的领域。三年以后，侯仁之的论文《北平的历史地理》通过答辩，并获得博士学位。
1949年，在新中国成立的前三天，侯仁之回到北京。10月1日，开国大典在天安门广场隆重举行。侯仁之有幸与无数欢欣若狂的群众一道经历了那空前的盛会。他亲眼看到那些著名的革命领袖与社会各界的代表一同出现在天安门城楼上，亲耳听到毛泽东庄严地大声宣告：“中华人民共和国中央人民政府──成立了！”那一刻，他感到浑身热血沸腾。
当天晚上，侯仁之刚回到燕园，便被簇拥进了大礼堂。他回忆道：
……燕京大学的人非要叫我做报告不可。在大礼堂，灯全都灭了，只有一个电灯照着我，叫我一个人站在台上讲。那么多群众出来，那么多！你看过去受压迫，受迫害，现在新中国成立了，大家多么高兴！新中国刚刚成立我就回来了，我激动极了！那天把我的感想在大礼堂讲了，大家和我一样激动啊！
