2.马云与董事会的博弈
马云称他为获取央行颁发的支付宝牌照，而做出的业界称之为“支付宝单飞”的举动是“不完美，但却是正确的决定”。马云称之为“不完美”，是因为这一决定一度闹僵了他与作为阿里巴巴的股东兼董事的雅虎杨致远、软银孙正义的关系。为了确保自身的利益，孙、杨二人都主张用协议控制模式“绕开”中国的法律规定。而马云在未经孙、杨二位的同意下，单方面作出终止协议控制的决定。马云称之为是“正确”的决定，是因为这样做不仅能够确保支付宝第一批获得经营牌照，同时，也能确保支付宝在经营中的合法性。马云希望支付宝的存在“100%合法，100%透明”。
如果说在支付宝如何拿到牌照的问题上，马云和董事会进行了一场艰难的博弈，在拿到牌照后，马云和董事会再次进行了一场艰难的博弈——签署补偿协议的问题。在耗时长达两个月，并进行了多轮回合谈判之后，阿里巴巴与雅虎、软银之间终于签署了一份令三方都满意的补偿协议。对马云来说，还是那句老话，资本不是问题，重要的是支付宝获得了继续经营下去的资格。
“不完美，但却是正确的决定”
2011年5月26日下午，中国人民银行官方网站上公布了首批获第三方支付牌照的27家企业名单。这27家企业包括支付宝、银联、财付通、快钱、钱袋网等内地知名支付企业。这批27张牌照发证日期为2011年5月18日，有效期5年。央行之前公示的32家企业中，上海银联电子支付服务有限公司、上海畅购企业服务有限公司、上海富友网络金融有限公司、上海得仕企业服务有限公司、联动优势电子商务有限公司等5家企业没有获得这批的支付牌照，据推测，这5家企业未获批的原因有很多可能性，可能与提交申请资料时间晚或股本成分有问题有关。
27比32,80%的比率，看起来拿牌率甚高，不过，若要回忆拿牌照这漫长等待的6年，所经历的痛苦调整和艰难游说，拿下牌照实在是件值得庆贺的事。之前，2010年，至少传出过三次牌照即将发放的风声。牌照通过特快专递的形式送到企业手中，上面写的颁发日期是2011年5月1日。按照牌照颁发机构央行的要求，所有拿到牌照的企业都要保持低调，因而，没有人大张旗鼓公开庆贺此次拿到牌照。据说一些提前宣布获牌的公司事后被要求“写检查”。
不过，所有拿到牌照的企业都在暗自庆幸：“牌照”意味着经营许可证，也就是该企业获得了准生证，拿不到牌照意味着该企业属于违法经营。
因为支付行业是创新行业，大多是靠国外投资商的钱“烧”起来的。在首批申请牌照的32家公司中，约半数以上都有外资背景。在二号令下发前，央行曾就外资持股问题听取过第三方支付企业意见并进行过一定沟通。据内部人士透露，最开始讨论外资比例是最多能不能达到25%或是49%，后来放得更开了，甚至连80%的控股比例都在会上讨论过。但二号令发布前所沟通的内容主要是向地方支行提供的一些数据，包括每月监管、托管报表等，央行要数据只是为了解业务。但事实上，报备信息比获取牌照所需提交的信息要少得多。
央行总行层面主要是由支付清算司领衔第三方支付行业相关工作，条法司、反洗钱局（保卫局）和科技司也参与其中。而央行早期最担心的主要是两个问题：一个是资金的安全性，另一个是渠道的安全性。前者强调托管资金不被侵吞或挪用，后者则是为防范第三方支付成为洗钱和诈骗的介质。
二号令发布后，央行与第三方支付企业正式接触密集起来。央行在全国多地召开了至少几十次相关研讨会，参加研讨会的包括银行和主流第三方支付公司，央行对所有获牌企业都提出了各种整改意见。研讨内容涉及发放牌照的各方面细节，其中关于外资在公司中股权结构的问题占据了大量讨论时间。随着讨论次数的增多，申请牌照的企业渐渐明白，如果有外资成分将可能撞上“玻璃墙”。因而，在牌照发放前，几乎所有涉及外资参股的企业都忙着更改股东结构。
北京银联商务原有三家外资股东共计14.03%：其中赛富亚洲投资基金管理公司持股8.11%、King Express技术有限公司持股4%、香港安宁控股持股1.92%。从2011年3月开始，其原有中方股东中信产业基金和雅戈尔接收了外资股东全部转让的股份。北京银联商务为中国银联关联公司，带有半官方色彩，外界将它的彻底内资化视为风向标。北京拉卡拉网络技术有限公司的股东中也有晨兴创投等外资股东，申请牌照前它将外资股权全部转让给了联想控股。其创始人孙陶然说，联想控股原本计划在2011年或2012年对拉卡拉进行增资扩股。“因为要申请牌照，等于把这个计划提前了一年到半年。”
支付宝与这些企业不同的是，第一，支付宝已经占有国内支付行业一半以上的份额，是这个行业的老大；第二，支付宝公司的外资占70%以上，实际上属于一家外资控股公司。要将支付宝股权转为内资，并不是那么容易的事，但要拿下牌照，却又十分必要。巨人集团董事长史玉柱在支付宝转内资后曾发微博道，“恭喜支付宝回归中国。阿里巴巴集团年流水达2万亿元后，集团控股权如果仍在美国人和日本人手里，就涉及中国国家安全问题了。现在就该逼美国雅虎和日本软银向中国政府和企业卖部分股权，如果不卖，就该流氓点，所有新增业务不再放入雅虎和软银控股的集团公司，建议马云做个爱国流氓。”他说，“2万亿元占中国国民经济比重小吗？服务器歇菜会影响多少中小企业和个人？美国和日本人卖掉阿里巴巴集团部分股权，股份比例降到50%以下，赚几十亿美金现金后，剩下股份全是净赚的，他们赚得少吗？美国人日本人赖着控股权，中国政府能安心吗？”
尽管马云并不同意史玉柱对他“爱国流氓”的称谓，但不可否认，史玉柱看到了庞大的金融数据在外资掌控下可能会引发的潜在的、不可逆转的安全问题。
早在2009年9月10日，阿里巴巴新的子公司“阿里云”正式成立，这个被外界称为“云计算”的技术除了用于解决商业问题，帮助中小企业发展外，还肩负统计中小企业的数据、淘宝消费数据、支付宝的数据的职责。从这些真实而庞大的交易数据，能够探测出许多商业活动的信息。可见，史玉柱的微博感言并非哗众取宠。商业竞争无时不在，无处不有，今天的朋友也许会成为明天的敌人，谁知道呢？
2011年6月14日，马云在杭州召开新闻发布会，解释支付宝事件来龙去脉。马云认为，在支付宝获牌过程中，尽管终止协议控制没有得到阿里巴巴集团外资股东支持，但股权转移获得了董事会“授权”，因此并不算违约。马云说，管理层最终决定终止支付宝“协议控制”，是一个唯一正确却不完美的决定，“现在正在商讨利益补偿机制”。
从2号令推出到牌照下发有11个月时间，多家公司都是在2011年2月之后才紧急调整。一位业内投资人说，不到“最后一刻”外资难免抱有侥幸心理，希望能继续在这个高增长行业里分一杯羹。
一位遭到清退的海外投资者说，“我们被迫退出。形势已很明显，要是不退出央行就会不发牌照。”“支付公司和我们都与央行沟通了多次，但央行就是说有外资不行，可它也不说明根据什么法律和文件，就是不批。”
而央行一名金融研究员的阐释是，外资处理需要协调商务部来进行规范，“这至少是两个部门的工作，上交国务院进行协调并无不妥。”
对于企业来说，牌照就是一道硬门槛。根据二号令，以2010年9月1日为起点，一年内未取得牌照不得继续从事支付业务。
