作为政治家的李斯，既明白韩非用心，也明白秦王意图。李斯的做法是，与韩非一样，也郑重上书秦王，直接驳斥韩非的《存韩书》。
这件上书论断鲜明，毫不含糊。从论述结构看，分作了四个层面。
第一层面，李斯首先表明了自己的总体看法，“臣斯甚以为不然”。用今天的话说，就是坚决不同意韩非主张。其次，李斯从总体上指出了韩国的存在对秦国的危害：“秦之有韩，若人有腹心之病也；韩虽臣于秦，不可信也。”所以，应该先除去这个心腹之患。
第二层面，李斯针对韩非为秦国谋划的“先下楚赵”方略，进行了具体剖析，严厉驳斥。李斯认为，按照韩非的谋划，秦国将陷入不可预测的泥沼之中。因为，韩国不会服于秦国的道义之举，而只会服于强力手段。韩非所以如此谋划，根本在于，韩国表面向秦国称臣，实际则与楚国有密谋。同时，赵魏齐等国也必有呼应。届时，韩国这个腹心病将必然发作，鼓动合纵，秦国将重新陷入退缩崤山与函谷关的困境。
第三层面，李斯指出了韩非的动机，是恶意迷惑秦国。李斯的说法很犀利：“（韩）非之来也，未必不以其能存韩也，为重于韩也；辩说属辞，饰非诈谋，以钓利于秦，而以韩利窥陛下；夫秦、韩交亲，则（韩）非重矣！此，自便之计也。”李斯对韩非个人动机的攻击，
也许有些不那么准确。但是，李斯对韩非上书目的的揭露，却显然是符合实际的--韩非以实现韩国之利为目标，而试探秦国。接着，李斯着意提醒秦王，必须对韩非的言论与文章提高警觉，“臣视（韩）非之言、文，其淫说靡，辩才甚。臣恐陛下淫（韩）非之辩，而听其
盗心，因不详查事情”。
第四层面，李斯为了最终证实“韩国事秦”的虚妄，也为了最终证实韩非的虚假谋划，对秦王提出了两个针对性的验证方式。
其一，验证“韩国事秦”之真伪的方式是，李斯自请担任赴韩特使，召韩王来秦晋见。如果韩王不来，“事秦”之说自然虚假；如果仅仅派遣一个臣子来，也是虚假，则秦国可以“深割”韩国之地；如果韩王与臣子都不来，则韩国无疑应当讨伐。
