其后，倭寇犯境、海上抢劫中国商船、抢劫他国朝贡船只的事情日渐增多。也许日本的行为对中国的伤害太深，嘉靖皇帝和一般朝臣可能会想：我们待你们不薄呀，你们竟然这样对我们。看来，对这些番夷国家不能太信任了。所以，嘉靖皇帝对于所有朝贡国家都开始严格执行太祖时期规定的入贡时间、人数等政策。这一政策造成许多与中国原本关系很好的国家日渐疏远中国。例如，真腊（柬埔寨）在整个嘉靖时期一次都没有来。其实，人家不来理由很简单，如果按照一百多年前的规矩执行的话，任何好处都没有，谁愿意来。所以，嘉靖时期中国的友好国家迅速减少。
与此同时，因为葡萄牙、西班牙等国对于东南亚原中国藩属国的侵略日渐增多，一些关于葡萄牙等国贩卖人口的消息也逐渐增多。嘉靖皇帝对禁海政策的正确性越来越深信不宜。而且，在与倭寇、葡萄牙和西班牙等国的数次战争中，所有人都发现：经过一百多年的发展，国防建设不是越来越好而是越来越坏。因此，嘉靖皇帝决定在坚决禁海的同时要严整东南沿海军务。
在政府层面的朝贡贸易如此，对民间禁海的政策则日趋严厉。嘉靖三年、四年、八年、十二年，先后四次颁布禁海令。
第一次基本内容是：福建滨海居民凡是贡船没有报关者，私贩苏木、胡椒千斤以上者重处。四川、云南、贵州、陕西等省也如此。对于私造双桅海船者、把船卖给外国人者、私贩武器出境者全部绞死。
第二次基本内容是：漳州、泉州等府的一些百姓假借商贩为名私造双桅大船，在海上私自通商。兵部听着，你们要令浙江、福建两省的巡按官员严查。这些船不论是否载有外国货，都以通番罪论处，全都给我充军发往边关服役。官吏百姓包庇纵容者全都发往西南烟瘴之地。
第三次基本内容是：浙江巡按要严查浙江地区沿海居民假冒中介组织（牙行）囤积外国货。那些地方豪强富商地主只要违规建造双桅大船，全都给我拆毁。
第四次基本内容是：兵部要传檄浙江、福建、广东、广西文武官员，一切违禁大船不论何人建造全部毁掉。从今以后，沿海军民凡是与走私犯、海盗交结者，他们的邻居不举报的全部有罪，施行连坐制。
至此，嘉靖海禁进入到最严厉的时期。而后世对于嘉靖此举持广泛批评态度，甚至为此将一位治军名将、抗倭英雄推向了历史审判台。这就给今天的我们一个深刻的教训：要么严格执行错误的政策，本来在朱纨的打击下，倭寇包括西方国家的“国家海盗”都已经受到了重大打击，葡萄牙甚至为此全面倒向晚明政府，只要再坚持下去问题就可以基本解决了。嘉靖却在所谓的权力制衡下抛弃了朱纨，由此造成“提督之死”。要么就以民生为重，改变错误的政策。二者必居其一，绝不能摇摆不定，否则，最终贻误改革的最佳时机，失去改正错误的最好机会。
