“顾大人，并非我不愿帮您。跟您说实话吧，今天来拜访您，您知道我为什么要骑马而来吗？”“不知道。为何？”“您不知道呀，今天衙役轿夫听说是来您这里，纷纷说病了不来呀！”“啊！”顾尚书呆若木鸡，“人们常说‘有钱能使鬼推磨’，看来真是如此呀！我堂堂一尚书今日败矣！”
究其顾尚书失败的原因，乃在于交通发达促进了商品经济的发达、商人势力的强大。商人强大之后，结合自宋代以后出现的“官无封建，吏有封建”的历史事实，便形成了“官斗不过商”的情况。吏是当地人，且工资不由财政支出，全靠盘剥百姓和商人贿赂，自然形成了依赖商人的情况。而不仅仅是吏，后期的官与官斗、皇帝与官斗，斗的背后都站着商人。
明朝中后期的一些皇帝曾经对商人势力进行过抑制，但效果并不好。例如，万历年间尽管对商业的剥削比较严重，但明代中后期的商业仍然总体上获得了长足发展。在万历时期，商人不但已经可以参加科举考试，而且在朝中已经培植了强大的代言人势力。魏忠贤和东林党的冲突，其实就是皇权与商人势力的斗争。到了明朝后期，特别是南明政权时期，商人（更具体地说是官商）已经把控了朝政。
商人把控中央级的朝政可以说是在天启、崇祯朝非常明显。但早在嘉靖年间，一些地方政权就已经被商人垄断，地方政府官员在某种程度上也要听命于富商巨贾，无锡邹望就是一个很明显的案例。
明代中后期国内贸易随着交通的发达，以前南北货物难以大规模交换的现状被彻底改变。南方以卖方身份出现在北方市场，主要供应丝织品、瓷器、棉布、木料、纸张、漆器、有色金属、皮革等。北方输出的商品大多是棉花、羊毛纱线。
商业的高度发达则直接促进了城市发展，例如淮安因为运河而兴盛，它被荷兰大使霍姆在1644年称为“中华帝国的第八大城市”。
除此之外，就像今天的深圳在十几年间由小渔村变成大城市一样，明代京杭大运河的繁荣，也使得一些之前名不见经传的小地方成为皇帝心目中重要的地方。例如，因为大运河的徐州段水流比较急，为了行驶安全，政府便修建了一条备用运河，1587年在这条备用运河的某个地方修建了一个名叫“夏镇”的地方。而17世纪初，皇帝便派了一名亲戚坐镇此地专管收税。
