（1）肠胃功能不佳者：生机饮食的食谱中含大量的高纤维果蔬、豆类及五谷杂粮。摄取高纤维的食物，有助于促进肠胃蠕动，预防大肠癌及慢性疾病，但是纤维在肠道中会吸收水分从而产生膨胀效应，肠胃道手术后或肠胃功能不佳者，可能会有腹胀、胀气的现象。此外，过量的纤维会干扰食物中钙、铁、锌及其他矿物质的吸收。因此，贫血者、骨质疏松者，以及其他正在服用铁剂、钙片或其他矿物质补充剂的人，不宜大量食用纤维。
（2）慢性肾功能衰竭或肾功能不全者：生机饮食特别强调多饮用果蔬汁。对于慢性肾功能衰竭及需要透析（洗肾）治疗者，大量的水分及高钾含量的果蔬汁，会影响水分在其体内的滞留及透析治疗的效果，甚至造成心律不齐而危及生命。
（3）心力衰竭及肝硬化有腹水者：心力衰竭、血液循环不良或肝硬化有腹水者，因为使用利尿剂进行治疗，对于水分的摄取需要严格定量，亦不宜饮用大量的水或其他果蔬汁，以免影响治疗。
（4）糖尿病病人在断食期间，可能会因为热量摄取不足而影响身体脂肪燃烧，产生大量酮酸。所以，糖尿病人选择生机饮食应在医生的指导下进行。
（5）孕妇和正在发育的儿童、青少年不宜采用限制奶、肉类的生机饮食。
生长发育中的儿童、青少年及怀孕妇女不宜采用完全生机饮食，以避免因为营养素摄取不足造成生长受阻。
（6）体质虚弱的老人及疾病调理期间的病人，采用生食疗法应在营养师或专业人员的指导下进行。
生食的忧患
生机饮食强调 “生食”和“有机”的饮食观点，是基于生食的果蔬中含有丰富的维生素、酵素及生物活性物资。酵素为人体新陈代谢所需，熟食则破坏了食物中的多种营养素和酵素。
生机饮食倡导多食植物性食物，而蔬菜、水果、豆类、谷物带来的大量膳食纤维尽管是人类健康需要的营养素，适量摄入会促进胃肠道蠕动，阻碍脂肪的吸收，预防便秘。但是大量的膳食纤维也会对身体带来一些不利影响，例如会阻碍蛋白质、脂肪和矿物质的吸收，可能导致营养不均衡。
此外，有些食物经过适当的加热才有利于蛋白质的消化吸收。如豆类食物中含有抑制胰蛋白酶的成分及血球凝集素，如果生食将使小肠中胰蛋白酶的作用受阻，蛋白质的消化被干扰，血球凝集素则会破坏红血球，使得血球携氧量降低，加热的过程可以破坏这两种成分，提高豆类蛋白质的利用率。
生食的另一个潜在性问题是，由于蔬菜在生长过程中常有寄生虫或其虫卵藏于植株中，若未清洗干净即生食，轻则发烧、恶心、呕吐，重则影响神经系统，甚至引发肠胃穿孔。
并非每一种蔬菜生吃都有益，如许多蔬菜中含有大量草酸、植酸，生吃容易与矿物质离子结合，影响矿物质的吸收。
果蔬中含有大量的天然抗氧化剂，如维生素Ｅ、胡萝卜素及茄红素等。这一类抗氧化剂是脂溶性的，亦即在少量油的存在下可以使其吸收率提高数倍；如果只是生食，在没有烹调油的情况下，其吸收率是相当有限的。
不吃任何动物性食物的完全素食者，如果只一味摄取蔬菜、水果及谷类，没有计划地将豆类、坚果类食物纳入饮食中，则易造成蛋白质缺乏，或是摄取的蛋白质所含的氨基酸比例不均，造成蛋白质利用率低。临床上常可见到因为罹患癌症而不当使用生机饮食，造成免疫力降低使身体易受感染，也因为没有足够的体力及免疫力，使得正规治疗无法继续。由于饮食中缺少了乳类及其制品，钙的摄取量不易达到每日1000毫克的标准。维生素B12仅存在于动物性食物中，完全素食者无法由饮食中得到足够的维生素B12，因此长期吃素时，可能需要定期补充维生素B12。
因此，生机饮食更提倡饮食的完整、均衡，保证人体所需的营养供应，提倡荤少素多的饮食结构，把生机饮食纳入我们日常的饮食生活中。
总而言之，生机饮食是一种回归自然的饮食新趋势。尽管它也有不足之处，但其倡导的“珍惜健康、亲近自然”的饮食方式和生活态度，是值得我们借鉴和思考的。
