中世纪，从政治方面来讲一般是指欧洲的封建时期，即公元476年到1640年，其标志性的事件是西罗马帝国的覆灭和英国资产阶级革命的爆发，这是一个漫长而且黑暗的封建统治时期，在此期间欧洲文明陷入一潭死水，直到末期的十字军东征才显现出一点生机；从科学史方面来讲是指古希腊、古罗马文明的结束到欧洲文艺复兴时期的开端。但提起欧洲历史上的“中世纪”，还有一个更加响亮的代名词——黑暗时代。如果说罗马帝国时期的科学文明还处于缓慢发展阶段的话，那么到罗马帝国结束，科学已经是行将就木了。而到了中世纪，科学文明便宣告灭绝。这其中的原因，和欧洲封建社会政教合一的大环境影响密不可分。
放眼整个欧洲封建统治时代，基督教义对人民思想的影响可谓根深蒂固，其深远程度绝不亚于我国封建统治时期的儒家学说。然而，基督教最初的兴起却是非常淳朴和自然的，没有一丝一毫的政治或者阶级意识。当时的基督教义反对社会上的一切不平等现象，倡导包括人权自由、贫富均衡、财产共享等先进思想。生活在欧洲底层社会的人民为了追寻正义和平等纷纷加入基督教，而封建统治阶级法定的思想则逐渐被欧洲人民排除在外。这就不可避免地引起了欧洲封建统治阶层的恐慌，他们开始大肆阻止基督教活动，甚至不惜血腥镇压。最终，封建势力开始对基督教进行有利于自身统治的思想改造，并正式宣布基督教为合法宗教。此后，所有的思想和知识都必须服务于基督教义，其余一切与基督教义相冲突的宗教都被列为非法组织，信奉者也将会被视为异教徒而受到严厉审判。
从某种角度上来讲，科学也是一种信仰，这一点和宗教信仰是同等的，但科学在很多方面和基督教义也是存在矛盾的。在欧洲统治阶级全力推崇基督教的大环境下，留给科学文明的发展空间也就越来越小，直到最终科学文明的发展完全终止。
在中世纪的欧洲大陆上，所有的年轻人都必须参加教会的学习，从小被灌输蒙昧主义和信仰主义，相信对自然和科学的研究是上帝做的事情，人类如果去研究就是对上帝的亵渎，是要受到上帝的惩罚的。
公元415年，在封建势力的怂恿下，女科学家希帕蒂亚被基督教徒残忍杀害。公元529年，雅典最后一所科学院校被当时的皇家军队查封。紧接着，数学被取缔，天文学成了迷信，医学被巫术代替。文化被漠视，科学被抹杀，欧洲大陆人民的生活完全处于荒蛮无知之中。
这就是中世纪被称作黑暗时代的原因所在。
然而，哪里有压迫哪里就会有反抗，压迫的程度越强，反抗的力度也就会越大。中世纪末期，一个非凡人物的诞生终于使黑暗的中世纪迎来了一丝黎明前的曙光，他就是罗吉尔·培根。
培根先在英国牛津大学学习神学，后来又在法国巴黎大学取得了博士学位。经过学习，神学对于培根来说早已褪去了最初的神秘和神圣色彩，他心中对神学的感触更多地变成了质疑。离开学校之后，培根开始为教会工作，但他对科学的兴趣却与日俱增。在此期间，一些阿拉伯学者的著作引起了培根的关注，这些被视为异教徒的学术思想让培根豁然开朗，长期以来的诸多困扰都得到了有效的解答。经过深入的学习和研究，培根提出了一个大胆的全新的科学理论——实验科学。
实验科学对封建统治阶级吹捧的神学思想是一个沉重的打击。该理论指出，无论神学理论多么合乎逻辑和具有权威，都必须走下神坛，接受事实的验证和人民的认可，否则就是伪逻辑、伪学术，只有实验才是验明真伪的唯一准则。培根的这一理论也是350年后英国大臣弗兰西斯·培根提出的“培根理论”的前身，更是现代科学文明的基础。
这无疑都为科学文明之光普照欧洲大地做好了准备。然而，欧洲的封建势力并不甘于就此没落，他们经过统一部署，对分布在欧洲各地的大学运动进行了残酷的镇压和迫害，妄图像当年剿灭培根新兴力量那样剿灭各地大学掀起的科学热潮。然而，历史潮流是不可抗拒的，时间已经走到了欧洲文艺复兴和英国资产阶级大革命爆发的前夕。中世纪末期的欧洲封建统治已经形同一条腐朽的大船，只待风浪袭来将它彻底击碎，永远地沉入汪洋大海之中。
