男性的情况则不同。即使是带着Y染色体的精子与卵子结合，胎儿仍有可能是女性，胚胎发展成男婴，还需要其他条件。
所谓的其他条件，是指黏附在男性细胞外的某种微型物质，科学家相信这正是决定男性性别的关键所在。这种微型物质被称为H-Y抗原，正是它刺激Y染色体发生作用，使胎儿成为男性。H-Y抗原作用于Y染色体的最初征兆，在受精后六周左右便会出现，从此以后，胚胎的睾丸便会逐渐发展起来。
不过就算是那些睾丸也不能保证将来出生的一定是个男婴，还需要另外一个条件——下丘脑。它是大脑的一部分，即使发育完全后也不比一粒杏仁大，不过它的力量却很惊人（有调节呼吸、体温、血压等功能）。它释放出某种物质，经过一系列的连锁反应，终于把信息传递给睾丸：是时候分泌性荷尔蒙了。
当睾丸接到信号，便开始工作起来。它们分泌出大量的睾酮，即雄性荷尔蒙，还有少量的卵胞激素和黄体酮，即雌性荷尔蒙和孕酮。（男人和女人都有以上激素，不过分泌的比率有所不同。）这些荷尔蒙的分泌使得男性的性器官进一步发展，此时，我们终于可以确定这将是个男婴了。
在实验室里，科学家们证明了女性分化力量的强大。
举个例子：
如果除去雄性老鼠胚胎中的睾丸，它并不会发育成一只不能生育的雄性老鼠，而是变成一只雌性老鼠。从基因上看，它仍是一只雄性老鼠，因为它既有X染色体，也有Y染色体，但是从解剖学和行为学的角度来看，它已俨然是一只雌性老鼠了。
另一个实验是对刚出生的雄性老鼠进行阉割，其长大后的行为举止酷似雌性老鼠，甚至会表现出雌性老鼠的性行为特征。
在雌性老鼠身上并不会发生这种变来变去的情况。即使从雌性老鼠的胚胎中去除卵巢，它仍会发育成一只雌鼠。虽然它无法生育，但绝对是雌性。同样，把刚出生的雌性老鼠的卵巢去掉，它仍会成长为一只雌鼠。
那么，人类的情形又会怎样呢？现在我们还无法得出结论。不过据我们所知，一些具有男性基因——既有X染色体，又有Y染色体——的人，长大后其外貌、举止都酷似女性。事实上，他们坚信自己就是女性。这是由于他们患有男性荷尔蒙过敏症。当胚胎还在子宫内时，这种过敏症让睾丸分泌的雄性激素失效，使他们的男性性器官发展停滞，最后胎儿以女婴的样子降生。
